Япония, вторая половина XIX века. Только что закончилась Гражданская война, в которой проимперская партия победила сторонников сёгуна. Постепенно начинаются реформы страны на европейский лад. Молодой воин Химура Кэнсин по прозвищу Палач Баттосай верой и правдой служил императору. Но ему надоело убивать, и он покинул государственную службу. Теперь он носит меч с заточкой на обратной стороне клинка (сакабато) и живет в школе Камия Каору, девушки-преподавателя боевых искусств. Но тени прошедшей войны не оставляют его в покое...
С формальной точки зрения Кэнсин не является самураем — он им не родился. Однако в военное время в Японии самураями считали и называли всех, кто носил мечи.
Слово «rurouni» было изобретено создателем манги специально для нее. «Rurou» значит «странствующий», «rounin» — «самурай без господина».