Мультипликационные персонажи, сильно напоминающие знаменитую четверку «Битлз», поют и совершают путешествие на желтой подводной лодке по фантастической стране Пепперлэнд, борясь за любовь, дружбу, цветы и музыку против злых и плохих уродцев — синих вреднючек.
Прообразом Желтой Подводной Лодки в мультфильме послужила настоящая исследовательская лодка (батискаф), которая кроме прочего участвовала в поисках ихтиозавра Нэсси на озере Лох-Несс. Именно по этой причине лодка в мультике имеет довольно непривычную архитектуру и не похожа на привычные нам подводные лодки.
На площади перед главным терминалом Ливерпульского аэропорта имени Джона Леннона установлена 25-тонная копия знаменитой «Жёлтой субмарины».