По Японии странствует таинственный Аптекарь, занятый не столько торговлей снадобьями, сколько борьбой со злыми духами «мононокэ». Они не рождаются в человеческом мире, но существуют в нем благодаря человеческим порокам и слабостям. Для того, чтобы обезвредить мононокэ, Аптекарю нужно знать их Форму, Сущность и Желание, потому перед тем, как исполнить свои обязанности экзорциста, ему сперва приходится выступать в роли детектива и исповедника...
Аптекарь одет так, как одевались оннагата — мужчины актеры театра Кабуки, игравшие роли женщин. Более того, даже его «грим» это стилизация грима в театре Кабуки.
Главный герой «Mononoke» не имеет имени. Это загадочный человек — Аптекарь.
Меч имеет воплощение, которое и сражается с мононокэ — это юноша с длинными волосами и загорелой кожей, которая разрисована золотистыми узорами. Воплощение является только в том случае, когда известны Форма, Суть и Первопричина мононокэ.