В 1993 году Джеймс Вонг и Глен Морган пригласили Дэвида Наттера в проект «Секретные материалы», где он становится одним из основных режиссеров. Первым снятым эпизодом Дэвида стал культовый среди фанов икс-филов «Лед». Затем им были поставлены не менее любимые фанами «За морем», «Тумс», «Маленькие зеленые человечки» и многие другие. Дэвид оставался с «Секретными материалами» в течение почти трех лет, до середины третьего сезона, выступив в некоторых сериях не только как режиссер, но и как продюсер.
В 1995 году Дэвид снова объединился со своими коллегами Морганом и Вонгом на съемках амбициозной космической саги «Космос: Далекие уголки» и снял для сериала двухчасовой пилотный эпизод и вторую серию.
Осенью 1996 года Крис Картер запускал свой новый сериал, «Тысячилетие», и ему требовался режиссер, способный привнести кинематографический размах в сорок пять минут телевизионного эфира. Конечно же, его выбор пал на Дэвида Наттера, который снял и спродюсировал для «Тысячелетия» четыре серии, включая «Пилот» и «Геену». Также в 1996 году Дэвид снял один эпизод для популярного медицинского сериала «Скорая помощь» и затем, в течение еще нескольких лет, время от времени «подрабатывал» на съемках этой телевизионной драмы, сняв в общей сложности пять эпизодов.
Начиная с 1997 года Дэвид Наттер начинает специализироваться в основном по пилотным эпизодам: его приглашают в новые проекты, если требуется съемка качественного и зрелищного первого эпизода.
Наттер — обладатель премии Эмми, ему довелось работать над такими известными сериалами, как «Узы братства», «Клан Сопрано», «Части тела», «Свита», «Псевдоним», «Западное крыло», «Без следа», «Тайны Смоллвиля», «Розвелл», «Остаться в живых» и многими другими. Дэвид особенно известен своей способностью руководить постановкой телевизионных проектов, которые впоследствии становятся популярными многосерийными телефильмами.
Наттер дал дорогу в жизнь и сериалу «Сверхъестественное», сняв два первых эпизода этого шоу.
Дэвид является одним из самых ярких и успешных режиссёров в своём амплуа, и телекомпания CBS даже выбрала его новый проект, криминальную драму Бруно Хеллерса «Менталист», в качестве своего первого пилотного выпуска после окончания забастовки сценаристов.
Один из самых признанных специалистов по пилотным проектам, в Голливуде Наттер словно непобедимый подающий игрок: за последние десять лет все одиннадцать поставленных им пилотных проекта стали сериалами.
У Дэвида есть дочь, Zoe K. Nutter, которая в 1999 году сыграла в небольшую роль в сериале «Розвелл», который снимал и продюсировал ее папа.