В 1991 году ему была присвоена степень магистра по специальности «Коммуникационные науки».
В 1991—1992 годах он работал журналистом в нескольких киножурналах, в том числе в качестве редактора и члена редколлегии журнала «Киношок», специализирующегося на направлении темного кино и альтернативной культуры. В период с 1992 по 1995 год Балагуэро работал киножурналистом и радиоведущим в передаче «La espuma de los días» на радио Hospitalet, где стал признанным кинокритиком.
Первые шаги в качестве режиссера сняв два короткометражных фильма — "Бубонный ребенок" (1991) и "Изобретение молока" (1993). Первый же успех пришел к нему после съемки на 35-мм пленку короткометражного сюрреалистического фильма "Алиса" (1994), к которому он также написал сценарий. Критики высоко оценили впечатляющую и пугающую атмосферу и сюжетную реализацию фильма, сравнили творение режиссера с работами Дэвида Кроненберга и Дэвида Лина. В результате фильм выиграл приз в номинации «Лучший короткометражный фильм» на кинофестивале в Ситжесе.
Следующей его работой стала короткометражка "Дни без света" (1995), которая была так же успешна на кинофестивалях, как и предыдущий фильм, и выпущена на DVD в Германии и Испании. В 1996 году Жауме написал сценарий и срежиссировал двенадцатый эпизод сериала «Serie Nova Ficció, La Ciutat de la Sort», который транслировался на местном каталонском телеканале TV3.
Дебют Жауме в качестве режиссера полнометражных фильмов состоялся в 1999 году с появлением в прокате фильма "Без имени". Снятый по мотивам романа Рэмси Кэмпбелла, фильм выиграл несколько наград на международных кинофестивалях, включая награду в номинации «Лучший фильм» на кинофестивале Fant-Asia.
Спустя три года он срежиссировал "Тьму", который в настоящее время рассматривается как один из культовых фильмов ужасов жанра. Этот фильм стал первой англоязычной работой Жауме и был замечен людьми из киностудии "Miramax Films", которая выпустила его сильно урезанную версию в прокат на территории США в декабре 2004 года.
В 2005 году увидел свет третий фильм режиссера, посвященный истории о призраках, "Хрупкость", в котором снялись в главных ролях Калиста Флокхарт и Ричард Роксбург. В 2002 году он выступил в качестве сорежиссера документального фильма о рок-музыке "Забудьте все". Фильм, ради съемок которого он сопровождал в течение нескольких недель молодых музыкантов в их турне.
В 2006 году Балагуэро принимал участие в телепроекте «Películas para no dormir» («Фильмы, которые не дадут вам уснуть»). Новая версия сериала в жанре ужасов Нарцисо Ибаньеса Серрадора «Historias Para No Dormir» (также известного как «Истории, которые не дадут вам уснуть»; транслировался в 1966-67 годах, на короткое время был воскрешен в 1982 году) состояла из шести тематических серий, снятых несколькими выдающимися режиссерами, специализирующимися на фильмах в этом жанре, родом из Каталонии и других провинций Испании, включая Алекса де ла Иглесию и Матео Хиля.
В начале 2007 года Жауме Балагуэро начал работу над своим четвертым театральным фильмом "Репортаж", сюжет которого написан в духе работ известного режиссера Джорджа Ромеро, но с изюминкой другого режиссера, Хидэо Наката, на которого в своем творчестве ориентируется Балагуэро; японский режиссер считает, что в жанре ужасов образ героини гораздо более сложен и интересен в плане реализации, ведь её чувства загадочнее, чем у мужчины, исполняющего главную роль. Жауме также срежиссировал триллер "Крепкий сон", в главной роли в котором снялся Луис Тосар.
Известно, что Балагуэро написал сценарий для "Репортажа 3" и является режиссером ожидаемого "Репортажа 4", приквела франшизы, которая, возможно, приведет к реальному перерождению жанра фильмов про зомби, которого зрители ждут уже не первый год.