В 1998 году актриса появилась в блокбастере «Враг государства», а свою первую главную роль она сыграла в независимом триллере «Без улик», где ее партнершей по съемочной площадке была тогда еще малоизвестная актриса Анджелина Джоли.
Ее выдающаяся роль Скайлер, супруги химика и по совместительству криминального авторитета Уолтера Уайта (Брайан Крэнстон), в сериале «Во все тяжкие» была отмечена множеством телевизионных премий. На счету Анны Ганн номинации на награды Эмми, Сатурн и Гильдии киноактеров США в категории «Лучшая актриса второго плана».
В 2004 году Анна Ганн получила роль Марты Баллок в семейном шоу «Дедвуд» на канале HBO. Спустя два года вся съемочная группа была номинирована на премию SAG за лучший актерский ансамбль. С Дэвидом Милчем, продюсером и сценаристом сериала «Дедвуд», Анна Ганн познакомилась еще во время совместной работы над известной драмой «Полиция Нью-Йорка». У нее была очень яркая роль – девушки по имени Кимми, которая страдала от наркотической зависимости, мечтала оказаться в Нью-Йорке и поплавать с дельфинами.
Анна Ганн произвела такое неизгладимое впечатление на Милча, что спустя девять лет он написал роль Марты специально для нее. Еще одной важной киноработой для актрисы стал сериал «Практика», в центре сюжета которого – сотрудники юридической компании в Бостоне.
В 2001 году на кинофестивале Санденс состоялась премьера черной комедии «Младенец на прогулке 2» с участием Анны Ганн, Гари Олдмана и Мэри Стинберген.
В 2012 году Анна Ганн предстала в числе номинантов на премию кинофестиваля в Милане за участие в комедийной драме «Нахальные трусики».
Анна Ганн также зарекомендовала себя на театральной сцене. В 2009 году она исполнила роль фотожурналиста Сары Гудвин в постановке «Time Stands Still» в Лос-Анджелесе. За десять лет до этого актрисе досталась роль Изабеллы в спектакле «Measure for Measure» в театре Амансон. Именно после премьеры этого проекта Анну Ганн заметили видные театральные деятели.
Ее супругом был актер Нил Дункан, но в декабре 2009 года пара рассталась. В 2001 году у них родилась дочь Эмма, а спустя пять лет на свет появилась вторая девочка Элла Роуз.
— До сих пор я предпочитаю проводить время, катаясь на лошадях или занимаясь скалолазанием – все это я любила делать в Нью Мехико, когда была маленькой. Когда я знакомлюсь с коллегами по съемочной площадке, то первым делом предлагаю всем отведать зеленый перец и другие органические овощи, которые растут в родном саду. Я живу в Лос-Анджелесе уже много лет, но мое сердце до сих пор там, в родительском доме в Нью Мехико.