В 1957 году Стюарт, заработав продавцом мебели деньги на учебу, поступил в престижную Бристольскую театральную школу "Олд Вик", после окончания которой дебютировал на большой сцене в Линкольне.
Сценическую карьеру Стюарт начинал в репертуарных театрах Ливерпуля и Шеффилда. В 1961-1962 годах вместе с Вивьен Ли и лондонской труппой "Олд Вик" гастролировал по Австралии, Новой Зеландии и Южной Африке, выходя сознаменитой актрисой в "Даме с камелиями" и "Двенадцатой ночи". В середине 60-х годов карьера Стюарта пошла в гору: в 1966 году он дебютировал в Лондоне, в 1967 году принят в Королевский шекспировский театр, где играл роли в пьесах Шекспира, от Генриха Vдо Тита Андроника, и в не менее популярных других постановках ("Кто боится Вирджинии Вульф?").
На Бродвее артист дебютировал в 1971 году в роли Снаута в постановке Питера Брука "Сон в летнюю ночь". Вскоре последовали работы на телевидении: особенно Стюартзапомнился в роли злодеев, как например, в роли Сеяна в минисериале BBC "Я, Клавдий" (1976). Несколько лет роли Стюарта в кинематографе были менее значительны и выразительны, чем его сценические работы, за исключением влюбленного Эйлерта Ловборга в "Гедде" (1975), экранизации "Гедды Габлер" Ибсена, в которой Стюарт играл с Глендой Джексон.
Начав сниматься в американских фильмах в начале 80-х, Стюарт профессионально блистательно исполнил роли, которые можно назвать провозвестниками его последующей славыв фэнтезийных и научно-фантастических лентах. Он сыграл в небольшой роли в Артуровской фэнтези Джона Бурмена "Эскалибур" (1981) и появился в роли Гурни Хэлека, одного из советников герцога и наставника Кайла МакЛахлена, в несколько сумбурной, но интригующей экранизации Дэвидом Линчем "Дюны" (1984) Фрэнка Херберта.
Стюарт обрел славу, привнеся шекспировские оттенки в роль Жан-Люка Пикара - серьезного, интеллектуально-сухого, но величественного капитана звездолета "Энтерпрайз" из серий-сиквелов "Звездный путь: новое поколение" (1987-1994). Поначалу и критики, и фэны со скепсисом- хотя и не без энтузиазма - отнеслись к перспективе Джина Родденберри возобновить свой культовый сериал, но Стюарт развеял сомнения, завоевав симпатии зрителей и сделав неуместным сравнение своего героя с его предшественником, любимым всеми капитаном Кирком в исполнении Уильяма Шатнера.
Слава Стюарта после "Звездного пути" многое изменила. Он посмеялся над своим образом властного героя в заметной роли короля Ричарда в "Робин Гуде: Мужчины в трико" (1993) Мела Брукса, вновь с блеском сыграл для кинофильма "Звездный путь: поколения" (1994) и предложил занятный образ крайне женственного гея-декоратора в "Джеффри" (1995), веселой переработке успешной внебродвейской постановки.
Стюарт продолжал активно работать и в других областях шоу-бизнеса. Благодаря богатому, хорошо поставленному и сразу узнаваемому голосу и приятной и естественной дикции его часто приглашали для закадрового озвучания фильмов, рекламных роликов на ТВ и документальных лент. Стюарт работал, и не только как актер, над эпизодами сериала PBS "Новая звезда", еще над одним научным сериалом "Космический век" (1992), над не совсем точной, но занимательной историей о кино "MGM: когда рычат львы" (1992) и научно-популярным фильмом CBS об аборигенах Америки "500 народов" (1995).
Редко снимаясь на ТВ, Стюарт с удовольствием сыграл заглавную роль в экранизации "Кентервильского привидения" (1995), где был также и сопродюсером. За исполнение авторского текста в "Пете и волке" Прокофьева Стюарт получил премию "Грэмми". В качестве сценариста Стюарт адаптировал несколько литературных произведений для радио и сцены. Нельзя не упомянуть и режиссерскую работу Стюарта - блистательно поставленные эпизоды "Геройский поступок" и "В теории" в пятом сезоне "Нового поколения". В 1996 году Патрик Стюарт вновь взошел на капитанский мостик "Энтерпрайза" - в "Звездном пути: первый контакт" (1996), но актер снялся и в других ролях, в том числе создав запоминающиеся образы отрицательных персонажей в "Теории заговора" (в российском прокате -"Тайна заговора") (1997) и "Властителях разума" (1997). Незабываемый голос Стюарта можно услышать в превосходном ансамбле, собранном "Dreamworks" для "Принца из Египта". Кроме того, Стюарт снялся в роли одного из самых прославленных персонажей американской литературы - капитана Ахава в телеэкранизации "Моби Дика".
В октябре-ноябре 2006-го года Стюарт играл в известном британском театре, где исполнял персонажи великих классических произведений. В следующем году актер был приглашен в театр Novello в Лондоне.
Актер по сей день играет в театре, снимается в кино и одновременно занимался озвучиванием кинофильмов и мультипликационных проектов.