Первой телевизионной работой Моффата была подростковая драма "Press Gang", до этого он работал учителем в школе. Давний поклонник британского сериала "Доктор Кто", Моффат написал несколько эпизодов к возрожденному сериалу, и стал ведущим сценаристом и исполнительным продюсером шоу в 2009 году, заменив на этом посту Рассела Дэвиса. Он участвовал в написании сценария "Приключения Тинтина: Тайна «Единорога»" для режиссёра Стивена Спилберга. Моффат вместе с Марком Гэтиссом стал создателем современной адаптации рассказов о Шерлоке Холмсе — мини-сериале "Шерлок", который получил высокие оценки критиков.
Многие из программ, над которыми он работал, получали премии, включая четыре BAFTA и четыре Hugo Awards. В 2012 году, он был награждён Особой Премией BAFTA, а написанная им для сериала "Доктор Кто" серия "День Доктора" установила мировой рекорд, как самое транслируемое телевизионное шоу.
Стивен Моффат родился в Пейсли, Шотландия. Он учился в Университете Глазго, и после получения степени по английскому языку, работал учителем три с половиной года. Его отец, Билл Моффат, был директором одной из начальных школ в Джонстоне, Ренфрушир; когда в конце 80-х в школе проходили съёмки сериала "Highway", Билл упомянул продюсерам об идее сериала о школьной газете. Продюсеры попросили образец сценария, и Билл Моффат договорился, что сценарий напишет его сын. По словам продюсера Сандры Хасти, это был лучший дебютный сценарий из тех, что она читала.
Моффат написал сценарией для драмы «Джекилл», современной адаптации стивенсоновской «Странной истории доктора Джекила и мистера Хайда», которая вышла на BBC One в июне 2007 года. В октябре 2007 года стало известно, что Моффат работает над сценарием фильма «Приключения Тинтина: Тайна „Единорога“» для режиссёров Стивена Спилберга и Питера Джексона. Он намеревался написать целую трилогию перед возобновлением работы над «Доктором Кто», но написав первую часть трилогии, понял, что не может заниматься написанием сценариев для «Приключений Тинтина» и сериала «Доктор Кто» одновременно, и поэтому он выбрал «Доктора Кто». По его словам, Стивен Спилберг одобрил его решение.
Во время путешествия из Лондона в Кардифф, Моффат и Марк Гэтисс задумали современную адаптацию книг о Шерлоке Холмсе, которую назвали «Шерлок». Бенедикт Камбербэтч был выбран на роль Холмса, а Мартин Фримен на роль доктора Ватсона. Моффат написал первую серию «Этюд в розовых тонах», которая вышла 25 июля 2010 года на BBC One и BBC HD. Второй сезон Шерлока вышел в январе 2012 года, для которого Моффат написал серию «Скандал в Белгравии», и подтвердил то, что третий сезон мини-сериала тоже будет выпущен. В конце 2013-ого-начале 2014-ого создатели сообщили также о том, что планируются 4-й и 5-й сезоны сериала.
Моффат, будучи фанатом "Доктора Кто" с самого детства, впервые внёс вклад во вселенную сериала рассказом «Continuity Errors», которая была опубликована в 1996 году. В 2004 году, Моффат был приглашен написать пару эпизодов для возрожденного сериала. Его вкладом стала двухсерийная история "Пустой ребёнок / Доктор танцует". По его собственному признанию, он ждал около сорока лет, чтобы увидеть свое имя в титрах сериала. Позже он написал серию "Девушка в камине" в 2006 году и "Не моргай" в 2007 году, за что был награждён Премией Хьюго за лучшую малую постановку, а оба эпизода были номинированы на премию Небьюла. Также, он получил BAFTA Craft Award, как лучший сценарист.
В журнале "Doctor Who Magazine" читатели проголосовали за Моффата, как за лучшего сценариста "Доктора Кто" в 2007 году, а за "Не моргай" — как за лучший эпизод. Также он написал в 2007 году специальный выпуск "Раскол во времени". Он стал автором двухсерийной истории "Тишина в библиотеке/Лес мертвецов". По признанию тогдашнего исполнительного продюсера сериала Рассела Т. Дэвисса, что он часто вносил поправки в сценарии других писателей, но не изменил ни единого слова из сценариев, написанных Моффатом.
В 2010 году Моффат стал ведущим сценаристом и исполнительным продюсером "Доктора Кто". Как исполнительный продюсер сериала, он был одним из главных людей, которые провели кастинг Мэтта Смита на роль Одиннадцатого Доктора и кастинг Питера Капальди на роль Двенадцатого Доктора.