Рупер высказала желание быть актрисой в возрасте 9 лет. Её первыми профессиональными ролями стали роли в фильмах «The Higher Mortals» (1993) и «Willie’s War» (1994). Уже в 1996 году её взяли в сериал «The Famous Five», где Рупер играла во всех сериях.
Дебютом в Голливуде Джемайма обязана роли в фильме «Черная орхидея» (англ. Black Dahlia). В 2008 году она играла главную роль в сериале «Ожившая книга Джейн Остин» (англ. Lost In Austen) и выступила в качестве приглашенной звезды в сериале «Пуаро» (англ. Agatha Christie's Poirot). Главная роль ей также досталась в пьесе «Her Naked Skin» в лондонском Королевском национальном театре.
Она также снялась в британском фильме ужасов Отель «Каледония» (2009) в паре с Келли Брук и Крисом Маршаллом.
В настоящее время Рупер снимает квартиру с её партером по фильму «Ожившая книга Джейн Остин» Томом Мисоном.