Николай Цискаридзе родился 31 декабря 1973 года в Тбилиси. Его отец Максим Николаевич Цискаридзе был скрипачом, но воспитывал мальчика отчим – педагог по профессии. Мать Николая Ламара Николаевна также была учителем, преподавала математику и физику в школе. Большое влияние на мальчика оказала его няня-украинка, которая проводила с ним много времени. Чтобы расширять культурный горизонт ребенка, его с малых лет водили в музеи, театры. Неизгладимое впечатление на Николая произвел балет «Жизель», увидев его, он влюбился в искусство балета. Родители были против увлечения сына, мама ждала, что он пойдет по ее стопам и станет учителем. Но однажды Николай увидел объявление о наборе в Тбилисское хореографическое училище и самостоятельно написал туда заявление о приеме и прошел отбор. Только когда его приняли, он рассказал об этом дома. Мама сначала была категорически против, но преподаватели училища убедили ее, что у мальчика есть талант, и его надо развивать.
Так в 1984 году Николай Цискаридзе начал заниматься балетом. Прогресс ученика был настолько очевиден, что родителям рекомендовали продолжать обучение в Москве. В 1987 году он поступил в Московское академическое хореографическое училище, в класс П.А. Пестова. Он окончил училище в 1992 году, будучи лучшим учеником класса. Свое образование Николай продолжил в Московском государственном хореографическом институте, педагогический факультет которого окончил в 1996 году.
После окончания училища на просмотре в Большом театре на Николая Цискаридзе обратил внимание Юрий Григорович, который настоял, чтобы талантливого юношу взяли в труппу. Свои первые роли в Большом он готовил с Галиной Улановой и Николаем Симачевым, в дальнейшем его репетиторами были Марина Семёнова и Николай Фадеечев.
По традиции начинал Николай Цискаридзе с выступлений в кордебалете. В 1992 году он получил роль Конферансье в «Золотом веке», в 1993-м – дона Хуана в балете «Любовью за любовь», Французской куклы в «Щелкунчике», принца Фортюне в «Спящей красавице», Меркуцио в «Ромео и Джульетте».
Уже в 1995 году он танцевал главную партию в «Щелкунчике», Джеймса в «Сильфиде», Паганини в «Паганини». В «Спящей красавице» Николай Цискаридзе начинал с Голубой птицы, в 1997-м получил роль принца Дезире. В «Баядерке» он сначала исполнял роль Золотого божка, а с 1996 года – Солора. С этой ролью он в 2001 году дебютировал на сцене Парижской национальной оперы.
В 2001 году в «Лебедином озере» в постановке Юрия Григоровича Николай Цискаридзе начал исполнять обе главные мужские роли: принца Зигфрида и Злого гения. В том же году французский балетмейстер Ролан Пети утвердил Цискаридзе на главную роль в «Пиковой даме» в своей постановке на сцене Большого театра. После этой совместной работы Пети предложил Николаю Цискаридзе выбрать следующий проект, и тот неожиданно остановился на роли Квазимодо в «Соборе Парижской Богоматери» на музыку Жаppa.
В 2002 году Николай Цискаридзе вместе со Светланой Захаровой танцевал в гала-концерте памяти Рудольфа Нуриева на сцене «Ла Скала» в Милане. В 2004 году он выступал в «Московской оперетте» в роли Смерти в мюзикле «Ромео и Джульетта». В 2005-м Николай Цискаридзе принял участие в проекте Андриса Лиепы – постановке «Синего бога» Скрябина на сцене Государственного Кремлевского дворца.
Николай Цискаридзе, Итан Стифел, Йохан Кобборг и Анхель Корейя стали в 2006 году первыми участниками проекта «Короли танца», гастролировавшего в Нью-Йорке и Калифорнии. В 2008-м он вновь танцевал в Нью-Йорке в рамках проекта «Звезды XXI века». На концертах он также танцует «Видение Розы» в постановке Фокина, «Нарцисс» Голейзовского, па-де-де из балетов «Корсар», «Фестиваль цветов в Джензано».
Каждый год в свой день рождения 31 декабря Николай Цискаридзе выходил на сцену Большого в балете «Щелкунчик». Как признался артист, для него это был лучший способ отметить день рождения, потому что с детства «Щелкунчик» ассоциируется с праздником.
В 1998 году Николай Цискаридзе участвовал в показе Вивьен Вествуд в Нью-Йорке.
На гастролях в Париже Николай Цискаридзе получил травму колена, во время осмотра врачи обнаружили серьезную травму крестообразной связки в коленном суставе, с которой артист полтора года танцевал, не замечая боли.
Всероссийскую известность Николай Цискаридзе получил благодаря телевидению. В 1997 году он стал героем ток-шоу «Моя профессия». Когда появился телеканал «Культура», он стал вести балетный раздел программы «Шедевры мирового музыкального театра». На канале «Россия» он участвовал в популярных шоу «Танцы на льду» и «Танцы со звездами» в качестве члена жюри.
С 2004 года Николай Цискаридзе преподавал в Московской академии хореографии и вел класс в Большом. В 2012 году поступил в магистратуру Московской государственной юридической академии.
В 2011-м он оказался в центре скандала, когда выступил с критикой реконструкции Большого театра. Спустя несколько месяцев администрация театра объявила, что досрочно расторгает контракт на работу педагогом-репетитором. После того как Цискаридзе назвал решение незаконным и пообещал подать в суд, его восстановили до истечения срока контракта – 30 июня 2012 года. Но спустя год Николай Цискаридзе был уволен из Большого. Еще в марте 2013 года Цискаридзе отмечал, что опасается увольнения, так как на него наложено два строгих выговора за нарушение трудовой дисциплины. Один из этих выговоров, за интервью газете «Московский комсомолец» в апреле 2013 года был снят.
Цискаридзе не раз допрашивали в связи с покушением на художественного руководителя балета Большого театра Сергея Филина — ему плеснули в лицо кислотой. По мнению Цискаридзе, пресс-служба и руководство театра использовали ситуацию с покушением, чтобы надавить на неугодных.
28 октября 2013 года был назначен и. о. ректора Академии русского балета имени Вагановой, 29 ноября 2014 года — избран ректором.