Сергей Эдуардович Алдонин родился 26 октября 1968 года в г. Ленинграде (Санкт-Петербурге). В 1992 году он окончил актерский факультет театрального училища им. Б.Щукина (мастерская Л. Калиновского, г. Красноярск). Отработав один сезон в Магнитогорском театре драмы под руководством Валерия Ахадова, молодой актер был приглашен в труппу Челябинского театра драмы им. Цвиллинга, на сцене которого выступал до 1995 года.
В 2000 году Сергей Алдонин окончил с отличием режиссерский факультет РАТИ (бывший ГИТИС) (мастерская М. Захарова). Дипломный спектакль по роману «Мастер и Маргарита», созданный им в мастерской, после 50 успешных показов в самом ГИТИСе и на различных фестивалях в Москве был включен в постоянный репертуар Театра имени Станиславского. В этом спектакле Сергей Алдонин также выступил и в качестве актера, сыграв роль Воланда.
Помимо «Мастера и Маргариты» на сцене Театра имени Станиславского Сергеем Алдониным были поставлены спектакли «Стакан воды» и «Ромео и Джульетта». Среди других режиссерских работ Сергея Эдуардовича: «Севильский цирюльник» (РАМТ), «Боинг-Боинг», «Девичник», «Загнанных лошадей пристреливают, не правда ли?», Арлекино» (все - Независимая театральная антреприза).
Кино
В кино Сергей Алдонин начинал, как актер, играя эпизодические роли. В последние годы Сергей Эдуардович известен, как режиссер сериалов «Папа на все руки» и «Папины дочки». С 1999 года - президент творческого объединения молодых актеров и режиссеров "Alldone 007". В 2009 стал режиссёром программы «Слава Богу, ты пришёл!» на СТС!