Евгений Шулимович Маргулис родился 25 декабря 1955 года в Москве, в роддоме на «Соколе» в 0:54 в еврейской семье.
Отец — Шулим Залманович Маргулис (1918—1990) — инженер.
Мать — Бронислава Марковна Маргулис (1918—2003) — учительница русского языка и литературы.
Тётя — заместитель главврача больницы № 67, кафедра 1 Московского медицинского института.
Старшая двоюродная сестра — Зинаида Элевна (род. 1945).
Старший брат — Марк Маргулис (род. 1953).
Музыка
Рано начал жить отдельно от родителей — у бабушки, потому что родители то сходились, то расходились. Бабушка никогда не выключала радио. Она всё время боялась, что пропустит сигнал тревоги. Поэтому был вынужден слушать все комсомольские и советские песни, которые ему не нравились, но потом он узнал, что есть и другая музыка.
В начале 1960-х он услышал Владимира Трошина — его поразил его голос, бархатный и низкий. В доме своей старшей сестры (старше на 10 лет) услышал Чабби Чекера, песню « Let's Twist Again», и понял, что помимо русского существует ещё и английский язык. А позже услышал настоящие песни Александра Галича. Увлёкся «Битлз». Его пытались отправить в музыкальную школу учиться на скрипке, но безуспешно.
Анна Рожденственская рассказывает: "Папа и мама Жени хотели, чтобы мальчик научился играть на скрипке. Но Маргулисова бабушка этого не хотела. Потому что она не любила музыку. Особенно в исполнении Маргулиса, который каждый день, приходя из музыкальной школы, с садистским усердием и весьма фальшиво играл бабушке этюды. Но недолго старушка терпела издевательства внука. Через неделю она выбросила Женину скрипку в окно".
Потому что ему хотелось быть пожарным, космонавтом и таксистом, причём одновременно. Играл в полудворовых командах на гитарах за 7.50. В основном они пели блатные песни, мимо которых пройти не могли — очень много было сидевших в то время в Москве. В 15 он понял, что в «Битлз» его не возьмут, и все силы направил на медицину. Медицинский институт бросил, потому что хотел стать музыкантом.
Году в 1974-м мой приятель, царство ему небесное, Костя Корнаков работал у Кола Бельды и за 10 рублей сдавал в аренду москонцертовскую аппаратуру разным левым вокально-инструментальным ансамблям. Ему нужен был грузчик. Вот мы и таскали аппаратуру, получали по 5 рублей, что по тем временам было вполне прилично, отбоя от клиентов не было. Так я познакомился с Макаром и с той подпольной музыкой, которая на тот момент царила у нас в Москве. И как-то после концерта мы поехали к Андрюшке Макаревичу домой, выпили изрядно и стали играть на гитарах… Потом от них ушёл Кутиков, и они, зная, что я хорошо играю на гитаре, предложили мне стать компаньоном в их безумном деле — тогда это был самодеятельный коллектив. Мне — 19, Макару — 21.
Двадцатилетний Евгений Маргулис в 1975 году пришёл в группу «Машина времени». В этот период группа переживала далеко не лучшие времена. Тогда Андрей Макаревич и Сергей Кавагоэ после ухода Алексея Романова и Александра Кутикова искали нового бас-гитариста. Первый концерт в составе группы Маргулис отыграл в МАРХИ в 1975 году.
С 1975—1979 год он был в составе «Машины Времени».
М. Марголис в книге «Затяжной поворот»: "Я был с «Машиной» в Таллине на двух фестивалях, в 1976-м и в 1977-м. Всё выглядело забавно, клёво, но бесперспективно. Эстонцы, питерцы, мы… Всё равно, это был такой узконаправленный «совок» для своих. А хотелось какого-то международного признания в этом деле. Но фестиваль в Прибалтике мне понравился хотя бы тем, что встретились другие лица. В Москве мы знали всех. Существовал пяток групп — «Високосное лето», «Рубиновая атака», «Удачное приобретение», «Машина», «Цветы» — ну, и таскались мы друг к другу на сейшены. А в Таллине открылся целый спектр разных команд. Все эти наши местечковые вылазки с «Машиной» или «воскресниками» в деревню Фрязино и подобные населённые пункты напрягали. Приезжаешь на очередной такой сейшен — одни и те же рожи сидят, что вчера и позавчера. Ну, добавилось, может, человек пять. Хотелось нового простора. Мы, считай, сами себя тогда сожрали и, видимо, поэтому разбежались. А Макар молодец, что вскоре после этого согласился на переход новой «Машины» в Росконцерт".
В 1979 году вместе с Сергеем Кавагоэ ушёл от Андрея Макаревича в группу «Воскресение». Сам Маргулис считает, что стал профессиональным музыкантом с 1980 года, когда стал бас-гитаристом «Аракса».
Был участником групп:
«Машина времени» (1975—1979, 1990—2012),
«Воскресение» (1979—1980, 1994—2003),
«Аракс» (1980—1983),
аккомпанирующий состав Юрия Антонова «Аэробус» (1982—1986),
«Наутилус» (или — «Наутилус-Шанхай», г. Москва, не путать с более известным «Наутилусом» из Екатеринбурга) (1982—1984, 1985—1988), СВ
Создал группу «Шанхай» (1988—1989), записал два сольных альбома и др.
С 2001 года начал исполнять песни на собственные стихи;
В 2004-м занимался текстовой частью русской версии мюзикла «We Will Rock You».
В конце 2009 года записал роль Мастера на-все-руки в радиоспектакле по сказке Александра Коротича «Жужа. Путешествие драндулёта».
Записывает песни в офисные блокноты, так как не любит длинных текстов.
Личная жизнь
C 11 сентября 1984 женат на Анне Борисовне Маргулис (1961 г.р.) — по профессии она семейный психотерапевт. Но последние годы она всерьёз увлеклась ещё и керамикой. Несколько дней в неделю проводит в мастерской. Её плоские барельефы с композициями на сюжеты полотен Шагала, Матисса, Модильяни неизменно пользуются успехом на выставках.
Сын: Даниил Маргулис (род. 21 января 1986 года) учился в Московской школе № 57, закончил мехмат МГУ, В 1996 году 10-летний Даниил получил второй разряд по шахматам. Даниил работает начальником отдела управления текущей ликвидностью ОАО АКБ «Руссобанке», где занимается финансовой аналитикой. Периодически консультирует родителей по вопросам финансов. Даниил Маргулис сыграл в фильме «Дом Солнца» своего отца (роль молодого Евгения Маргулиса), там же снимался и его друг Иван Макаревич. В передаче «Пока все дома» спел песню Джо Дассена (знает французский язык).