Дебютировал в «Зените» в июле 2004 года в матче на Кубок России против омского «Иртыша» (2:0) и провёл в клубе 4 сезона. Всего в официальных встречах провел 113 матчей, забил 5 голов (из них в Премьер-лиге — 74 матча, 3 гола). В составе «Зенита» в 2007 году стал чемпионом России.
В начале 2008 года в приобретении Шкртела, по слухам, были заинтересованы европейские клубы «Валенсия», «Ньюкасл», «Тоттенхем», «Эвертон» и «Ливерпуль».
11 января 2008 года перешёл в английский «Ливерпуль». Во время переговоров «Ливерпуля» и «Зенит а» на Мартина произвел сильное впечатление главный тренер «Ливерпуля» Рафаэль Бенитес, что впоследствии он назовет решающей причиной выбора именно этого клуба. Предполагаемая сумма трансфера составила 6,5 миллионов фунтов. Рафаэль Бенитес на пресс-конференции, посвящённой подписанию Шкртела, его главными качествами назвал «настойчивость, скорость и хорошую игру в воздухе» и сравнил Мартина с вице-капитаном «Красных», легендарным защитником Джейми Каррагером.
В новой команде Шкртел получил номер 37, который до него носили Яри Литманен и Зак Уитбред. Его полноценный дебют состоялся 26 января 2008 года в матче против любительского клуба «Хавант-энд-Уотерлувилл» в рамках четвёртого раунда Кубка Англии. Мартин практически сразу завоевал место в основном состав е, за первые три месяца в команде сыграв, в частности, в важнейших играх против «Челси», «Манчестер Юнайтед», «Эвертона» и «Арсенала». По итогам своего первого мерсисайдского дерби Шкртел был признан болельщиками «Ливерпуля» лучшим игроком матча.
В 2009 году Шкртел выходил стартовом составе красных в нескольких матчах, но не часто как в прошлом году. Причиной этому стало поправление переспективного датчанина Даниеля Аггера.Но, несмотря на это Шкртел регулярно выходит на замену.
Международная карьера
Шкртел играл за молодёжную сборную Словакии. В 2004 году он дебютировал в национальной сборной Словакии по футболу.
Личная жизнь
Увлекается теннисом, горнолыжным спортом и хоккеем. Холост.
Интересные факты
Перейдя в «Ливерпуль» за 10 млн е
вро, Шкртел установил сразу 2 рекорда — стал самым дорогим защитником в истории «красных» и самым дорогим игроком в истории словацкого футбола. Прежний рекорд принадлежал Шиларду Немету, за которого «Мидлсбро» в 2001 году заплатил братиславскому «Интеру» 6,75 млн евро.
Достижения
Командные
Чемпион Словакии среди юниоров: 2001
Чемпион России: (2007)
Обладатель Кубка УЕФА: 2007/2008 [5]
Индивидуальные
Обладатель приза Петра Дубовского, как лучший футболист Словакии в возрасте младше 21 года (2005), второе место в этой же номинации в 2004 году
Лучший игрок Первой словацкой лиги в сезоне 2002-2003
В списке лучших футболистов Словакии:
2005 — 5-е место
2006 — 2-е место
2007 — 1-е место
В списках 33-х лучших в чемпионате России: № 3 (2006)