Хотя ему нечасто случалось накопить на билет, бродвейские постановки совершенно пленили воображение Джонатана. В школе он налегал на английский, латынь, историю, охотно изучал романтическую поэзию и, конечно, Шекспира. Джонатан не слишком дружил с одноклассниками, за исключением своей подруги Гертруды Брегман, на которой он женился в 1938 году и с которой прожил всю жизнь. В 1942-м у них родился сын Ричард.
В 1932 году 17-летний Джонатан юридически изменил сложную для американского уха фамилию Карасухин на более привычную Харрис, хоть и побоялся рассказать об этом родителям. В университете он изучал фармакологию, окончил его в 1936-м и работал в нескольких аптеках, но любовь к сцене одержала верх. Через два года Джонатан подделал резюме и устроился в репертуарный театр на Лонг-Айленде, сыграл в нескольких постановках, после чего перешел в The Red Company. В 1942-м Харрис получил свою первую главную роль в бродвейской пьесе «Сердце города», в 1946-м он блестяще сыграл в «Флаг родился» с Квентином Рейнольдсом и Марлоном Брандо.
В 1949-м в шоу «Телетеатр Шевроле» состоялся дебют Харриса на телевидении. Его очень часто приглашали сниматься в качестве приглашенной звезды, к тому же Харрис был первым, чье имя указали в титрах подобным образом. «Студия Один», «Бонанза», «Паутина», «Сумеречная зона», «Вне закона» – кажется, проще перечислить популярные сериалы 50-х и 60-х, в которых Джонатан не снимался, чем те, в которых он принимал участие.
С 1959 по 1965 год Харрис играл одну из главных ролей в сериале «Третий человек». Его персонаж Бредфорд Уэбстер, эксцентричный, трусоватый помощник главного героя, появился в 73 эпизодах из 77. Половина серий снималась в Лондоне, половина - в Голливуде. В 1963-1965-м Джонатан снялся в комедийном сериале «Шоу Билла Дану», сыграв мистера Филлипса, напыщенного менеджера шикарного отеля, который постоянно конфликтует с его неуклюжим коридорным-мексиканцем (Билл Дана).
С 1965 по 1968 год Харрис играл доктора Захарию Смита в «Затерянных в космосе», персонажа лицемерного, трусливого и явно злодейского склада, но настолько яркого, живого и запоминающегося, что Джонатан стал звездой шоу, а сюжет третьего сезона разворачивался, в основном, вокруг него. С одной стороны, эта роль принесла ему огромную популярность, с другой, в будущем ему пришлось сыграть еще немало злодеев, потому что у режиссеров сложился определенный стереотип на его счет.
Харрис много работал как актер озвучания. Его голосом разговаривают персонажи многих мультиков, включая «Черный плащ», «Жизнь жуков», «История игрушек-2», «Трудный ребенок», «Долго и счастливо», «Базз Лайтер» и другие. Снимаясь в боевике Чака Норриса «Хорошие парни ходят в чёрном», Харрис давал Норрису уроки драматического мастерства и работал с его голосом.
Джонатан Харрис был популярным и востребованным актером, но умел находить время для своих увлечений. Он любил готовить еду, читать, путешествовать и смотреть кино, ходил в оперу и сам играл на фортепиано, увлекался живописью, ухаживал за садом и даже вязал. Но самым главным его увлечением была его семья.
В конце 2002 года Харрис и остальной актерский состав «Затерянных в космосе» готовились к съемкам двухчасового фильма «Затерянные в космосе: Путешествие домой». Однако перед самым началом съемок Харрис попал в больницу из-за болей в спине, которые были признаком проблем с серцем.
Джонатан Харрис скончался 3 ноября 2002 года в Энсино, штат Калифорния, от тромбоза, всего за три дня до 88-го дня рождения.