Начал играть в театре еще учась в начальной школе. Подростком учился в Вестминстерской городской школе. Во время учебы принимал участие в различных постановках школьного театра, а так же посещал занятия в театре Peckham. Учился в колледже South Thames и там так же активно играл в театре. Посещал театральную школу в Хакни.
В сентябре 2011 года телеканал HBO объявил, что Бойега отобран для съемок в сериале "Da Brick", основанном на жизни боксера Майка Тайсона. Джон должен был сыграть Донни, который выходит из тюрьмы накануне своего 18-летия и пытается жить обычной жизнью. Сценарий пилотной серии был написан Джоном Ридли, но телепроект так и не был запущен в производство. Так же в 2011 году Бойега снялся в фильме "Отбросы", сыграв наркодиллера, который пытался продать найденное оружие.
В июле 2011 года появился на обложке журнала "Screen International" - вместе с двумя другими актерами он был объявлен "британской Звездой завтрашнего дня 2011 года".
29 апреля 2014 года было объявлено, что Джон Бойега сыграет одну из ключевых ролей в фильме "Звездные войны. Эпизод 7".