В 2004 году вместе с продюсером и режиссёром Юрием Дорохиным создала собственную производственную студию REC.production. Компания занималась созданием видеофильмов, аудио- и видеорекламы.
В 2008 году студия Анны Матисон выпустила короткометражку на текст одноимённого произведения Евгения Гришковца «Настроение улучшилось». Анна выступила в качестве сценариста и режиссёра. Гришковец, заинтересовавшись работой Анны и ее студии, предложил талантливой девушке сотрудничество. Впоследствии оно вылилось в создание полнометражного фильма «Сатисфакция», документального сериала «Без сценария», музыкальных клипов, пьесы «Дом». Особое место занимает аудиоспектакль «Реки». Последняя совместная работа Ання Матисон и Гришковца — пьеса «Уик-энд», написанная в 2014 году.
В 2008 году Анна Матисон переехала в Москву и поступила на сценарный факультет ВГИКа в мастерскую Натальи Рязанцевой, который окончила в 2013 году с красным дипломом. В художественном кино Анна Матисон дебютировала как режиссёр и сценарист фильма «Сатисфакция», выпущенного в 2010 году. Соавтором сценария выступил Евгений Гришковец, который также снялся в главной роли. Фильм вышел широким прокатом и участвовал в программе таких фестивалей, как «Кинотавр», «Меридианы Тихого», «Московская премьера», «Святая Анна», «Voices».
Сценарные работы Анны Матисон: «Ёлки-2», «Ёлки-3», «Ёлки 1914» и «Млечный путь».
Помимо художественного кино является также режиссёром-документалистом. Так в 2011 году на Первом канале был показан полнометражный документальный фильм «Музыкант» о пианисте Денисе Мацуеве. Сотрудничество с Мацуевым началось с создания короткометражного фильма «Репетиция оркестра». Получившийся фильм понравился Мацуеву, и сотрудничество было продолжено.
В 2012—2013 годах были созданы три фильма о дирижёре Валерии Гергиеве и Мариинском театре. Стоит также отметить фильм «Семь дней одного года», рассказывающий о Михаиле Турецком и его вокальных коллективах — «Хоре Турецкого» и «Сопрано-10».
В 2014 году по заказу Мариинского театра сняты фильмы-оперы «Левша» (Р. К. Щедрин), «Семён Котко» (С. С. Прокофьев), «Троянцы» (Г. Берлиоз).
Личная жизнь
1 марта 2016 года Анна Матисон вышла замуж за актёра Сергя Безрукова, с которым она познакомилась в феврале 2015 года. В июле 2016 года родила дочь Марию.