Выпускник ВГИКа (мастерская Р. Ильина), Алексей Учитель с 1968 года работал оператором, а затем и режиссёром Ленинской студии документальных фильмов.
Снимая документальное кино о проблемах современности, Алексей Учитель ещё в 1980 году получил премию Ленинского комсомола за картину «Сколько лиц у дискотеки?». Это документальная короткометражка была дебютной картиной режиссёра, и сразу же принесла ему успех. Фильм, в котором затрагиваются актуальные для тех лет вопросы, снят в форме диспута и показывает дискотеки Москвы, Новосибирска, Риги, Дубны. К теме рок-музыки и неформальной культуры Учитель возвращается постоянно. В 1987 году он снимает фильм «Рок», а спустя три года создал одноимённую студию. Картина «Рок» стала поистине культовой. В ней снялись такие выдающиеся деятели рок-культуры, как Борис Гребенщиков, Антон Адасинский, Виктор Цой, Олег Гаркуша и Юрий Шевчук. В фильме показан быт андеграунда как он есть: одновременно похожий и не похожий на быт простого обывателя.
В 1990 году Алексей Учитель вновь обращается к искусству как форме протеста. На этот раз героями его картины «Ёлы-палы, или Митьки в Европе» становятся питерские художники, писатели и музыканты. Одновременно он снимает фильм «Обводный канал», в котором очень ярко прослеживается основная черта как документального, так и игрового кино Алексея Учителя. Это стремление не просто отобразить действительность, но создать некий поражающий воображение образный ряд.
Сразу же после трагической гибели Виктора Цоя режиссёр приступает к работе над картиной «Последний герой», но фильм, основанный на материалах, снятых как при жизни певца, так и после его смерти, по целому ряду причин так и не вышел в кинопрокат. Его массовый показ был организован лишь через двадцать лет после гибели Цоя. Фильм вышел в своей обновлённой версии и назывался уже «Последний герой. Двадцать лет спустя». С этой картины начинается сотрудничество Алексея Учителя со сценаристом Авдотьей Смирновой.
В 1996 году по её сценарию был снят фильм «Мания Жизели». Этот первый опыт Алексея Учителя в игровом кино был так же успешен, как и первый опыт в кино документальном. Картина о жизни балерины Ольги Спесивцевой была отмечена несколькими номинациями на премию «Ника».
Алексей Учитель в интервью для журнала «Европа-стиль»: « До этого я делал документальное кино и был там в своей тарелке, и у меня была масса планов. Но я вдруг неожиданно для себя осознал (поверьте, я не играю), что без игрового кино я не могу. Потому что это та история, когда ты всё конструируешь сам».
А следующая картина Алексея Учителя – «Дневник его жены», получив премию «Ника» в номинации «за лучший фильм», стала затем номинантом на премию «Оскар». Фильм, рассказывающий о последних годах жизни великого русского писателя Ивана Бунина, на время закрывает тему биографий в творчестве Алексея Учителя.
Он экспериментирует с игровым кино, обогащая его опытом документальных съёмок, и в 2003 году представляет зрителю фильм «Прогулка». Несмотря на документальную манеру съёмки, фильм был очень тепло встречен массовым зрителем, не в последнюю очередь благодаря ощущению сопричастности, возникающему в процессе просмотра.
Ещё через два года режиссёр снова решается на эксперимент: на этот раз он меняет сценариста и вместе с Александром Миндадзе снимает картину «Космос как предчувствие». Картина была удостоена премии «Золотой орёл» как лучшая режиссёрская работа. Творческий поиск режиссёра продолжается и в психологической драме о чеченской войне «Пленный», снятой по рассказу Владимира Маканина «Кавказский пленный», и в кинокартине «Край», по своему размаху способной посоперничать с западными блокбастерами – фильм выдвинут на соискание премии «Оскар».
В творческих планах Алексея Учителя есть и возвращение к теме русского рока – фильм о водителе автобуса, сбившего Виктора Цоя, и совместный российско-американский проект «Дом Черчилля», картина о публичном доме, организованном советскими спецслужбами для иностранных союзников.