Майкл принял участие в постановках нескольких пьес в местном театре, а затем, покинув Мемфис, перебрался в Балтимор, где продолжил свою карьеру на театральной сцене. Пытать счастье сразу в Нью-Йорке он не стал, так как считал, что это довольно трудно без членства в трудовом союзе актёров.
Его напорства и актёрский профессионализм в итоге всё-таки привели его в Нью-Йорк, после того как его заметил театральный режиссёр Томми Тун и пригласил на роль в пьесу «Девятое облако». Джетер за короткое время добился успеха и к концу 1989 года уже состоялся его дебют на Бродвее в мюзикле «Гранд отель», за роль в котором в следующем году он был удостоен премии «Тони».
На телевидении он стал появляться ещё в начале 1980-х годов в небольших ролях в фильмах и телесериалах. На экранах он обычно играл чудаков или размазней, как в фильмах «Король-рыбак» (1991), «Зона высадки» (1994) и «Страх и ненависть в Лас-Вегасе» (1998). Иногда ему доставались и более серьёзные роли, такие как в фильмах «Король воздуха» (1997), «Зелёная миля» (1999), «Парк юрского периода III» (2001) и «Открытый простор» (2003). В 1992 году он стал обладателем премии «Эмми» за свою роль в ситкоме «Вечерняя тень». Более младшей аудитории он был известен как мистер Нудл в детской передаче «Улица Сезам», в котором снимался с 2000 по 2003 год.
Майкл Джитер в конце 90-х годов был инфицирован ВИЧ, у него начались проблемы с наркотиками и алкоголем. За довольно короткий срок актёр почти полностью поник и перестал появляться на экранах. Последней его работой в кино стало озвучивание двух инженеров в анимационном фильме «Полярный экспресс», который вышел на экраны уже после его смерти и был посвящён памяти актёра.
Майкл Джитер умер 30 марта 2003 года. Случилось это в его доме в Лос-Анджелесе, был он обнаружен уже мертвым близким другом и партнером Шоном Блю (Sean Blue). Известно, что причиной смерти актера стал не ВИЧ, а эпилепсия. Согласно его пожеланию, тело Майкла Джитера было кремировано.