Эмилио Фернандес родился в Хондо, штат Коауила, Мексика. Его отец, Фернандо Гарса, был военным и, после 1910 года, революционером. Мать была индианкой из племени кикапу, поэтому у него и появилось прозвище «Эль Индио». Будущий режиссёр оставил школу, чтобы участвовать в революции, возглавляемой Адольфо де ла Уэрта. Президент Мексики Обрегон отправил Уэрту в ссылку в Лос-Анджелес, США, а Фернандес был приговорён к 20-летнему заключению, но сбежал и последовал за Уэртой в США. После того, как Ласаро Карденас стал новым президентом и даровал амнистию всем участникам восстания, Фернандес вернулся в Мексику.
Имея опыт работы в Голливуде, Фернандес начал работать на мексиканскую киноиндустрию как сценарист и актёр. Первая его роль была в фильме «Corazón bandolero» (1934) Рафаэля Севиллы.
Художественный директор Metro Goldwyn Mayer Седрик Гиббонс, занимавшийся разработкой дизайна для награды Американской академии кинематографических искусств и наук, разработал идею изображения фигуры рыцаря, стоящего на катушке с киноплёнкой и держащего меч крестоносца. В качестве модели он выбрал Эмилио Фернандеса. Вначале Фернандес сопротивлялся, но потом всё-таки согласился позировать обнажённым для статуэтки, известной сейчас как «Оскар».