В 1989 году, в возрасте 25 лет, Экклстон дебютировал на сцене в пьесе «Трамвай Желание».
Несколько лет молодому актеру, стремившемуся в кино и на телевидение не везло – несмотря на полученное образование, он не получал ролей, а те, что доставались, не всегда упоминались даже в титрах картин. Кристофер работал на стройках и в супермаркетах.
Лишь в 1991-ом его пригласили играть убийцу Дерека Бентли в драме Питера Медака «Пусть получит свое». Его персонажем был реально существовавший убийца, а игра актера заставила обратить на себя внимание режиссеров и продюсеров. Через некоторое время Экклстон вновь получил значительную роль - в триллере Алекса Кокса «Смерть и компас».
Но все эти успехи были довольно небольшими по сравнению с тем, что ожидал его впереди. Прорывом для актера стала одна из главных ролей в триллере Дэнни Бойла «Неглубокая могила». Именно с этого момента (шел 1994 год) Кристофер Экклстон стал постоянно появляться в крупных проектах. Зачастую его роли оставались все же ролями второго плана, однако, каждая из них неизменно оказывалась очень заметной.
В его активе – главные роли в таких фильмах, как «оскароносная» мелодрама Шекхара Капура «Елизавета», «Другие» Алехандро Аменабара, драма Майкла Уинтерботтома «Джуд» и драма этого же режиссера «С тобой или без тебя».
Очень примечательной стала и главная роль Экклстона в первом сезоне сериала «Доктор Кто».
Экклстон также оказался отмечен и в роли Клода в популярном телевизионном сериале «Герои».
В 2007 году актера можно увидеть в фильме режиссеров Дэвида Л. Каннингэма и Татьяны Мельниковой «Восход тьмы», где персонаж Кристофера олицетворяет собой зло.
Кристофер Экклстон одинаково хорош как в положительных, так и отрицательных ролях, а его заметная фигура (рост актера составляет 188 см) зачастую оказывается наиболее примечательной в фильмах.
В 2009 году актера можно встретить в нескольких проектах, среди которых – «Бросок кобры» Стивена Соммерса и «Амелия» режиссера Миры Наир.
Всего Кристофер Экклстон сыграл к 2009 году не менее 55 ролей.
Роль Стивена Бакстера в мини-сериале «Второе пришествие» принесла ему вторую номинацию на BAFTA TV Award в категории «Лучший актёр», но он проиграл её Биллу Найи, который позже также пробовался на роль Девятого Доктора.
Его партнёршами по фильмам были такие голливудские актрисы как Рене Зеллвегер в фильме «Цена рубинов» и Камерон Диас — «Невидимый цирк».
Личная жизнь
Кристофер очень скрытен, о личной жизни актёра известно немного. В частности, несмотря на то, что его мать была религиозна, сам Экклстон атеист. Он является преданным болельщиком Манчестер Юнайтед, ежегодно участвует в марафонских забегах, занимается благотворительностью.
Кристофер Экклстон женат, в феврале 2012 родился его первый ребёнок, Альберт.