Шлезингер родился в Лондоне в семье врача-еврея. В 1943 г. призван в армию, где увлёкся экспериментальным театром и развлекал сослуживцев показом фокусов. После войны изучал английскую литературу в Оксфорде. В конце 1950-х гг. снимал документальные фильмы для Би-би-си. Его документальный фильм «Вокзал» (1961) о буднях вокзала Ватерлоо стал событием на фестивале в Венеции.
В 1963-64 гг. Шлезингер снял первые художественные фильмы — «Такая вот любовь» и «Билли-лжец». С этих картин началось его многолетнее сотрудничество с актёрами Аланом Бэйтсом и Джули Кристи. Изображение Шлезингером будней рабочего класса на севере Англии получило восторженную оценку Британской киноакадемии. Тематически примыкает к этим фильмам экранизация романа Томаса Харди «Вдали от безумной толпы» (1967).
Запечатлев культуру «свингующего Лондона» в картине «Дорогая» (1965), не скрывавший своей гомосексуальности режиссёр обратился к теме однополой любви (прежде остававшейся табу для Запада) в своих наиболее известных лентах «Полуночный ковбой» (1969) и «Воскресенье, кровавое воскресенье» (1971). Первый из этих остросоциальных фильмов принёс ему «Оскар» за лучшую режиссуру и орден Британской империи.
В конце 1960-х годов Джон Шлезингер оказался в Голливуде, где поставил самый, пожалуй, известный свой фильм - социальную драму «Полуночный ковбой» (1969), в котором главные роли исполнили Джон Войт и Дастин Хоффман. Картина получила высокую оценку и зрителей, и критики - она получила премию «Оскар» - в номинациях «лучший фильм» и «лучшая режиссура».
Благодаря актерскому таланту Хоффмана немалый успех выпал и на долю триллера «Марафонец» (1976). В числе других известных фильмов Джона Шлезингера можно назвать «День саранчи» (1975), «Янки» (1979), «Англичанин за границей» (1983), «Агенты Сокол и Снеговик» (1985), «Мадам Сюзацка» (1988), «Жилец» (1990).