В 1956-62 гг. экспериментировал в области драматургии. Поставленная в 1968 г. экранизация романа Г. Кабреры Инфанте «Три тоскливых тигра» была удостоена главного приза на фестивале в Локарно. Президент Альенде назначил Руиса своим советником по вопросам культуры.
C 1973 года жил во Франции. Снимал авторское кино для избранных, богатое скрытыми смыслами и сюрреалистической образностью, наполненное фантасмагориями и абсурдизмом, как, например, разработанный совместно с П. Клоссовски и Сашей Вьерни (Александр Верный) псевдодокументальный проект «Гипотеза похищенной картины» (1979) и «стивенсоновская трилогия»: «Город пиратов», «Три кроны для моряка», «Остров сокровищ».
С середины 1990-х гг. Руис работал со «звёздами» первой величины — такими, как Катрин Денёв, Эммануэль Беар, Джон Малкович. В поздних фильмах отходит от демонстративно «бедняцкой» картинки, работы становятся более мейнстримными, регулярно дебютируют на крупнейших фестивалях, включая Каннский. В 1999 г. руководил бюджетной экранизацией романа М. Пруста «Обретённое время». Умер в Париже в возрасте 70 лет от пневмонии.