Сын кальвинистского пастора. Свою профессиональную карьеру начал как адвокат в Лондоне. Став секретарём лорда Мильнера, он в течение двух с половиной лет сопровождал его в Южной Африке в разгар Бурской войны между британцами и колонистами голландского происхождения. Этот яркий опыт скажется впоследствии на его писательской работе.
Вернувшись в Лондон, он стал работать в издательстве у Нельсона. В 1915 году он начинает заниматься журналистикой, что более соответствует его темпераменту и желанию показать жизнь и страдания людей. Всю Первую мировую войну он прошёл в качестве корреспондента «Таймс».
В 1916 году он вступил в ряды британской разведывательной службы.
Одновременно занимаясь профессиональной и политической деятельностью, он написал много книг. Он публиковал биографии («Вальтер Скотт», «Оливер Кромвель» и «Юлий Цезарь»), очерки (о шотландской церкви и британских колониях в Африке), автобиографические тексты и шпионские романы: «39 ступеней» (1915, где впервые появляется персонаж Ричард Хэнней; в 1935 году роман был экранизирован Альфредом Хичкоком), «Электростанция» (1916), «Три заложника» (1928), «Отец Жан».
В 1927 году Джон Бакен стал членом Палаты общин. В 1935 году он был назначен генерал-губернатором Канады. 11 февраля 1940 года Бакен скончался от последствий инсульта и черепно-мозговой травмы при падении. На этом посту его заменил главный судья Верховного суда Канады Лаймен Пур Дафф, действовавший в качестве администратора правительства.