Окончив институт в 1984, он поступил на работу в «Marvel Comics». Помогал рисовать персонажей для детского шоу. В 1987 году перешел в компанию «Walt Disney», работал в отделе «визуального» развития. Сделал незначительные работы для «The Rescuers Down Under» (1990).
Сандерс прорвался к вершинам диснеевской анимации благодаря вкладу в работы «Красавица и чудовище» (1991) и «Король лев» (1994). Он помог написать сценарий для диснеевского хита «Мулан» и эта работа позволила ему стать режиссёром и сценаристом проекта «Лило и Стич», который принёс ему авторитет и славу. За этот мультфильм Крис также был номинирован на Оскар.
В 2006 году снят с должности руководителя проекта «Американская собака» Джоном Лассетером после назначения последнего на пост продюсера (у него были разногласия с Сандерсом). В итоге сюжет был полностью переделан, а новым режиссером назначен Крис Уильямс, а фильм назван «Вольт».
В марте 2007 года Крис Сандерс пришел в «DreamWorks Animation». В сентябре 2008 года стало известно что Крис Сандерс и Дин Деблуа (его соавтор и сорежиссер по «Лило и Стич») назначены режиссёрами мультфильма «Как приручить дракона». Мультфильм снят по мотивам одноимённой серии книг британской детской писательницы Крессиды Коуэлл. Повествует о дружбе мальчика и дракона, благодаря которой два непримиримых соперника — викинги и драконы — нашли общий язык и примирились. Эта анимационная лента была номинирована на премию Академии кинематографических искусств и наук «Оскар».За полгода проката кассовые сборы фильма составили почти полмиллиарда долларов. Критики дали фильму практически одни положительные отзывы, отметив высокое качество исполнения визуальных эффектов и особо представленную трогательность отношений между персонажами.