В 1999 году Эмили получила главную роль в фильме «Розетта» братьев Дарденн. Фильм был удостоен Золотой пальмовой ветви Каннского кинофестиваля, а Эмили получила награду за лучшую женскую роль. В 2001 году Декьенн снялась в историческом триллере «Братство волка», где её партнёрами по съёмочной площадке были Марк Дакаскос, Венсан Кассель и Моника Беллуччи.
Картина «Напарник» (2004) принесла Эмили номинацию на премию Сезар за лучшую женскую роль второго плана, но победа в ней досталась Марион Котийяр (фильм «Долгая помолвка»). В 2007 году Декьенн сыграла эпизодическую роль в киноальманахе «У каждого своё кино», снятого к юбилею фестиваля в Каннах.
В 2012 году за участие в фильме «Любить без причины» была отмечена наградой на Канском кинофестивале.
У Эмили Декьенн есть дочь от гражданского брака с Александром Cаваресом — Мила Саварес (род.17.07.2002).