В дальнейшем Кондо перешел на работу на студию "Nippon Animation" в качестве главного аниматора, дизайнера и художника. Время от времени он принимал участие и в проектах Миядзаки и Такахаты. На студии "Studio Ghibli" Кондо оказался только в 1988 году, когда принял участие в создании фильма Такахаты "Могила светлячков" [Hotaru no Haka].
С этого времени Кондо становится одним из самых уважаемых сотрудников студии и принимает участие во всех ее проектах. Его первой режиссерской работой стал небольшой коммерческий ролик "Небесно-голубое семя" [Sorairo no Tane] (1992).
Наконец, в 1995 году Кондо доверили режиссуру большого проекта - полнометражного фильма "Шепот сердца" [Mimi wo Sumaseba]. Его сценарий, впрочем, все равно написал Миядзаки. Это был первый фильм студии "Studio Ghibli", использовавший компьютерную графику.
Фильм Миядзаки "Принцесса-мононокэ" [Mononoke Hime] (1997) стал последней работой Кондо.
Личные достижения Кондо волею судьбы оказались в тени его более известных коллег. Печально, что о творцах "второго эшелона" и о том, что они значили для шедевров классиков, вспоминают только тогда, когда они умирают.