Во время войны была малолетней узницей концлагеря "Саласпилс" (1942-1943 г.г., в Латвии).
В 1964 году окончила Театральное училище имени Б.В. Щукина.
С 1964 по 1966 г.г. — актриса Московского театра имени Ленинского комсомола.
В кино с 1965 года, исполнила две в фильме Николая Мащенко «Хочу верить» (Людмила Зайковская и её дочь Маша).
С 1966 года Екатерина Крупенникова была актрисой Киевской киностудии имени А.П. Довженко.
Снималась в фильмах: "Казнены на рассвете" (1964); "Два года над пропастью" (1966); "Карантин" (1968); "Семья Коцюбинских" (1970); "Инспектор уголовного розыска" (1971); "Случайный адрес" (1972); "Будни уголовного розыска" (1973); "Следую своим курсом" (1974); "Забудьте слово смерть" (1979); "Казаки-разбойники" (1979); "Ускорение" (1984); "Бухта смерти" (1991); "Игра всерьез" (1992).
В настоящее время Екатерина Крупенникова живёт в США в Лос-Анджелесе, и в Москве.