В 1982 году поступил во ВГИК (мастерская С. Герасимова и Т. Макаровой), который окончил в 1987 г. На 3-м курсе вместе с однокурсником Ю. Морозом вступил в КПСС, когда многие из неё уже выходили.
Успех принесла ему дипломная работа во ВГИКе «Завтра была война» (1987, по повести Б. Л. Васильева), визуально стилизованная под киноизображение 30-х гг. Кинокартина была продана в 48 стран мира. В 1988 году снял «Воры в законе» — один из самых кассовых фильмов за всю историю кино СССР — более 120 миллионов зрителей, а также лауреат премии «Трех К» (конъюнктура, коммерция, китч). В 1990 году представлял «Пиры Валтасара, или Ночь со Сталиным» в США, показывал там, в том числе и в американском конгрессе. Снимал «Ералаш», рекламу.
Широкую известность получил его конфликт с Российским космическим агентством, которое не пустило актёра В. Стеклова сниматься в космосе в фильме «Приз — полет в космос» по мотивам романа Чингиза Айтматова «Тавро Кассандры». А также история с «пропавшим» фильмом «Мастер и Маргарита» (1993) по Булгакову.
«Мастер и Маргарита» Юрия Кары — экранизация одноимённого романа Михаила Булгакова, снятая в 1994 году, но так и не увидевшая свет из-за разногласий режиссёра и продюсеров — фирмы «ТАМП», владеющей правами на фильм, а позднее — из-за претензий С. С. Шиловского и Д. В. Писарчик, потомков третьей жены Булгакова Е. С. Шиловской, которым принадлежат авторские права на роман (данная точка зрения оспаривается создателями фильма). Камнем преткновения оказалась длительность фильма, которая в режиссёрской версии составляла 3 часа и 20 минут. По требованию продюсеров она была сокращена до двух часов, ради чего пришлось убрать многие сюжетные линии. Это уже вызвало недовольство актёров. По мнению критики фильм получился очень слабый, сильно искажающий события и мораль романа.Единственный закрытый показ сокращённой 118-минутной версии фильма состоялся на XXVIII Московском международном кинофестивале.
12 апреля, в День космонавтики, в московском кинотеатре "Художественный" состоялась премьера новой картины режиссёра Юрия Кара "Королёв". Фильм рассказывает о трагическом периоде в жизни родоначальника практического освоения Вселенной. В середине 1930-х будущего главного конструктора обвиняют в бессмысленной трате средств на ракетостроение, репрессируют и после жестоких пыток и формального суда, который длился чуть больше двадцати секунд, отправляют на каторгу в Магадан. Все это происходит уже после того, как Сергей Павлович Королёв запустил первую в истории ракету, тем самым, по сути, открыв новую эру в истории человечества, создал ГИРД – исследовательский научный и конструкторский центр, занимающийся ракетостроением, привлек к своему проекту военных, ученых, технических специалистов различных направлений.
В основу картины легли факты, подлинные мемуары Королёва и книга воспоминаний его дочери, она даже предоставила для съемок его личные вещи. С предложением о фильме, в котором бы рассказывалась истинная история жизни великого конструктора, к режиссеру Юрию Каре обратились космонавты во главе с Алексеем Леоновым и Георгием Гречко и руководители ракетно-космической корпорации "Энергия" им. Королёва. Для технических консультаций режиссёр, вместе с оператором Юрием Райским встречались в Лос-Анджелесе с Джеймсом Кэмероном. С ним Кара дружит с давних пор, с середины 1990-х, когда в реальном космосе на станции "Мир" собирался снимать актёра Владимира Стеклова. Тогда Кэмерон также заинтересовался возможностью съёмок на орбите и сотрудничал с Карой.
Сейчас снимает в Крыму свою версию шекспировской трагедии, которая будет называться "Гамлет. История продолжается". Режиссер не отходит от шекспировского сюжета и текста, но перенес действие в XXI век. Герои решают те же нравственные проблемы, хоть и проводят жизнь в ночных клубах и на яхтах, играя в бильярд и соревнуясь в стритрейсинге на дорогих автомобилях, а рядом с героями можно увидеть и готов, и байкеров.