В 1911-м Жоффр был произведен в командующего войсками французской армии, после того как от звания отказался генерал Жозеф Гальени (Joseph Gallieni). Жозеф избрал стратегию военного командования, разработанную Фердинандом Фошем (Ferdinand Foch). Концепция наступления была известна как План XVII. Интересно, что Жоффр стал главнокомандующим, до этого вообще ни разу не командовав армией, даже на бумаге, и также он не был полностью осведомлен о работе генштаба.
30 августа 1914-го Жоффр рекомендовал французскому правительству эвакуировать Париж. Он узнал о 'самсоновской катастрофе' и о том, что два немецких корпуса все еще направлялись на восток в качестве подкрепления для Восточной Пруссии (East Prussia). 1 сентября 1914-го 5-я армия Ланрезака (Charles Lanrezac), спустя несколько дней напряженных боев, отступила через Эна (Aisne) в неко тором замешательстве. Тогда Жоффр приказал сформировать новый кавалерийский корпус, чтобы заполнить пробел между 5-й армией и Британским экспедиционным корпусом.
3 сентября 1914-го, во второй половине дня, Жозеф сместил Ланрезака и поставил на его место более агрессивного Франше д'Эспере (Franchet d'Esperey). Когда организатор обороны Парижа, Жозеф Симон Галлиени (Joseph Simon Gallieni), получил данные о том, что 1-я армия немцев продвигается на восток, открывая Парижу фланг и тыл, ему удалось убедить Жоффра перейти в контрнаступление силами 6-й армии Монури (Michel Joseph Maunoury). Главнокомандующий, едва не отда ший приказ об отходе всех войск за Сену (Seine), прислушался к Галлиени и велел французской армии и английским войскам нанести контрудар. Британский военачальник Джон Френч (John French), однако, продолжал вести свои войска назад, пока Жозеф в грубой форме не поговорил с ним лично.
После того как 13 декабря 1916-го новым главнокомандующим был назначен Робер Нивель (Robert Nivelle), Жозеф стал военным советником правительства. В период 1917-1918 гг. он возглавлял французскую военную комиссию в США (USA), а позднее в Японии (Japan).
Жоффр отличался умением сохранять спокойствие под давлением и способностью приним ать решения на основании фактов. Он не церемонился со своим окружением и за лето 1914-го отстранил от обязанностей трех армейских командиров, десять командиров корпусов и 38 командиров дивизий, которые потерпели неудачи. Также известно, что Жоффр был молчаливым человеком. Иногда он прибывал в штаб военного подразделения, где без единой реплики выслушивал подотчетных ему офицеров, приходивших в ужас от его молчания. Жоффр сильно зависел от мнения своего начальника штаба, генерала Анри Бертело (Henri Berthelot).
Жозеф Жоффр умер 3 января 1931-го, в Париже. Его мемуары в двух томах были опубликованы посмертно в 1932-м