Джафар Панахи родился 11 июля 1960 года в Восточном Азербайджане (провинция Ирана), в городе Миане. Азербайджанец по национальности. В молодости снимал короткометражные ленты, затем служил в армии, участвовал в ирано-иракской войне. После службы Панахи поступил в университет, в это же время снял несколько документальных любительских лент, и работал ассистентом режиссёра на съёмках некоторых художественных фильмов, в том числе фильма «Сквозь оливы» Аббаса Киаростами, вышедшего на экраны в 1994 году. Через год Киаростами помог написать сценарий к фильму «Белый шар», режиссёром которого являлся Панахи.
Фильмы Панахи становились лауреатами престижных международных кинонаград, в том числе «Золотой камеры» Каннского кинофестиваля (1995 год; фильм «Белый шар»), «Золотого леопарда» кинофестиваля в Локарно (1997 год; фильм «Зеркало»), «Золотого льва» Венецианского кинофестиваля (2000 год; фильм «Круг») и «Серебряного медведя» Берлинале (2006 год; фильм «Офсайд»).
Впервые Панахи был арестован 30 июля 2009 года. Тогда его отпустили, предварительно отобрав паспорт и запретив выезжать из страны. Но 1 марта 2010-го режиссер вновь оказался за решеткой. 14 апреля 2010-го министр культуры Ирана мотивировал арест Панахи тем, что "он снимал фильмы против действующего режима". Уже тогда в его защиту выступили виднейшие деятели кино, такие как Кен Лоач, Оливье Ассайяс, братья Дарденны, Аббас Киаростами, Роджер Эберт.
20 декабря 2010 года, после длительного судебного разбирательства, Джафар Панахи был приговорен к 6 годам лишения свободы. Также ему запрещено в течение 20 лет снимать кино, писать сценарии, давать интервью местной и зарубежной прессе, выезжать из страны. Виднейшие правозащитники и кинематографисты (Мартин Скорсезе, Стивен Спилберг, Оливер Стоун, братья Коэны, Джим Джармуш, Роберт де Ниро, Шон Пенн и др.) пытаются добиться освобождения Панахи, но пока безуспешно.
В октябре 2012 года он стал лауреатом премии имени Сахарова.