Хонеккер сыграл важную роль в процессе объединения КПГ и социал-дем ократов в советской зоне оккупации, что привело к созданию в 1946 Социалистической единой партии Германии (СЕПГ); он был избран в центральный комитет новой партии. С 1958 Хонеккер – член политбюро СЕПГ, а в мае 1971 сменил В. Ульбрихта на посту первого секретаря партии. В октябре 1976 он стал председателем государственного совета, главой Германской Демократической Республики (ГДР).
Как и Ульбрихт, Хонеккер был враждебно настроен к Западу. Неприятие им идеи воссоединения Германии выразилось в поправке к конституции, которая была принята в 1974 и содержала положение о ГДР как « социалистическом государстве немецкого народа». Отношение к СССР проявилось в его утверждении, что тесные связи с социалистическим содружеством во главе с СССР – лучшая гарантия безопасности и процветания ГДР. Хонеккер в большей степени, чем его советские наставники, сопротивлялся проведению реформ внутри страны, укрепляя репрессивный режим. 18 октябре 1989 он был вынужден уйти в отставку, а 3 декабря был исключен из СЕПГ. В декабре того же года началось расследование по обвинению его в злоупотреблении властью, коррупции и личном обогащении, но резкое ухудшение здоровья Хонекке ра помешало привлечь его к суду. В конце 1990, после объединения Германии обвинения были расширены – Хонеккеру инкриминировалось подстрекательство к убийству: на него возлагалась ответственность за приказ пограничникам стрелять у Берлинской стены в каждого перебежчика при попытке бегства на Запад. В марте 1991 он уехал в Москву и оставался там до июля 1992, пока российское правительство не вернуло его в Берлин. Судебный процесс был отменен из-за ухудшения здоровья обвиняемого. В январе 1993 Хонеккер получил разрешение на выезд в Чили. Умер Хонеккер в Сантьяго (Чили) 29 мая 1994