ЛаПалья родился в Аделаиде, Южная Австралия, он младший из трех сыновей Марии Ёханес (урожденная Брендел), секретаря из Нидерландов и Гедио Эдди ЛаПалья, автомеханика и дилера автомобилей из Бовалино, Калабрия, Италия. Его старшие братья - Энтони ЛаПалья, актер, и Майкл ЛаПалья, автомобильный оптовик в Лос-Анджелесе.
Джонатан ЛаПалья окончил Ростреворский колледж, затем учился в университете Аделаиды, который окончил со степенью в области медицины. Джонатан работал три года в качестве врача аварийно-спасательной службы в Аделаиде, Сиднее и Лондоне. Чувствуя себя ограниченным, он решил последовать карьере в кино его брата Энтони ЛаПалья. В 1994 году Джонатан переехал в Нью-Йорк, где окончил курсы в театральном училище. Джонатан получил своё первое актерское признание в 1996 году, когда присоединился к актерскому составу телешоу «Полицейские под прикрытием».
С 1998 до 2001 года он играл роль лейтенанта Фрэнка Б. Паркера в научно-фантастическом сериале «Семь дней». Впоследствии, он сыграл детектива Кевина Дебрено в сериале «Восточный парк» в 2001-2004 гг. Джонатан ЛаПалья также появился несколько раз в качестве приглашенной звезды в многочисленных сериалах, включая «Клан Сопрано», «Морская полиция: Спецотдел», «Детектив Раш» и «Касл».
Не так давно Джонатана ЛаПалья можно было увидеть в качестве главного героя, Гектора, в телевизионной адаптации романа Христоса Циолкаса, производимого для телекомпании ABC TV, в сериале «Удар» (2011). Хотя Джонатан и австралиец, но это была его первая роль в австралийском кинематографе. Прожив за границей много лет, ЛаПалья даже нанял репетитора по диалекту чтобы восстановить свой природный австралийский акцент.
Сейчас Джонатан ЛаПалья живет в Санта-Монике, Калифорния, с женой, актрисой Урсулой Брукс, и их дочерью, Тилли.