Шон заинтересовался театром после участия в театрализованной постановке в летнем лагере. После окончания школы будующий актер поступил в университет Нью-Йорка. А в 1997 году он получил диплом бакалавра. Маэр учился на театральном факультете. Для того чтобы восполнить пробелы знаний Шон так же прошел курс обучения в театральной школе «Tisch» в Лондоне.
Свои первые шаги Шон Маэр сделал в таких постановках как «Doors», «Yerma», «Berlin, Berlin», «Over the Tavern, Part II», «Book of the Night». Он принимал участие в экспериментальных проектах и уделял много внимания классическим шекспировским произведениям.
В 1999 году Маэр получил свою первую яркую роль. Он был приглашен на съемки сериала «Ryan Caulfield: Year One». После нескольких серий игра Маэра была положительно отмечена критиками и начинающего актера приняли в основной состав сериала «Нас пятеро». Далее последовали роли в сериалах «Светлячок: Звездная одиссея» и «C.S.I.: Майами». Они принесли актеру зрительскую любовь и популярность. Со временем к Шону начали относиться как к настоящему профессионалу, знающему толк в своем ремесле.
В 2004 году Шон Маэр дебютировал в игровом кино. Он сыграл главную роль в фильме «Living 'til the End». Фильм вышел в прокат в 2005 году. В 2005 году он снялся в картине «Миссия «Серенити»», которая, как и предыдущие работы, имела положительные отзывы критиков.
В 2005 году Шон начал играть роль Конора Донована в сериале «Говорящая с призраками». Проект получил большую популярность у зрителя, так как имел не только известный актерский состав, но и был захватывающим и интересным.
В 2009 году на телеэкран вышел сериал «До смерти красива» (Drop Dead Diva), в котором Маэр сыграл одну из ведущих ролей.
На данный момент Шон Маэр усердно работает в нескольких проектах. Он находиться в постоянных переездах между его квартирами в Нью-Йорке и Лос-Анджелесе. У молодого актера практически нет свободного времени, так как вся его энергия и старания направлены на достижение наилучшего результата в кинематографе.
В 2011 году Шон Маэр заявил, что он - гей. По словам актера, его агент просил его скрывать свою сексуальную ориентацию и пытаться спать с женщинами. Маэр живет со своим партнером уже девять лет, и пара воспитывает двоих детей. По его словам, он больше не мог этого скрывать. Он добавил: "Я очень хотел совершить камин-аут. У меня такие прекрасные дети и потрясающая семья. Мне просто противно думать о них хоть как-либо, что это неправильно или стыдно, или же скрывать это".
Сейчас Маэр живет со своим партнером Полом и их двумя детьми, дочерью Софией Розой и сыном Лайамом.