В 1991 Филипссон записала концептуальный альбом и поставила шоу о женщине-секретном агенте, 'Agent 006'. В начале 90-х популярность Лены в Швеции только росла, и она продолжала выпускать альбомы до 1997 года.
В 2004 году она вернулась в хит-парады после семилетнего перерыва.
С песней 'Det gör ont' Филипссон в четвертый раз приняла участие в 'Melodifestivalen' в качестве сольной исполнительницы, дошла до финала и, наконец, заняла первое место, что позволило 37-летней певице представлять Швецию на 'Евровидении 2004' с песней 'It Hurts', переведенной на английский язык. Автором этой легкой танцевальной песенки стал композитор Томас Эрикссон (Thomas Eriksson), в мелодии явственно слышатся мотивы диско. Появление Филипссон на сцене вызвало шквал обсуждений в шведской прессе – она выступала в коротком ярко-розовом платье и сапогах, танцуя с микрофоном совершенно в манере Стивена Тайлера (Steven Tyler) из 'Aerosmith'. Несмотря на то, что Филипссон считалась третьей фавориткой на победу, на 'Евровидении' она заняла только пято е место, поделив его с Лизой Андреас (Lisa Andreas) с Кипра (Cyprus). Тем не менее, альбом 'Det gör ont en stund på natten men inget på dan' приобрел 'золотой' статус за девять дней, а песня 'Det gör ont' возглавила чарты. Помимо нее, большой популярностью пользовались синглы 'Delirium', 'Lena Anthem' и 'P å gatan där jag bor' с этого же альбома. Голосование на шведском радио-шоу 'Tracks' сделало Лену Лучшей шведской исполнительницей, а также Артисткой года. 'Det gör ont' была объявлена Лучшей песней года.
Филипссон выпустила свой новый альбом 'Jag ångrar ingenting' в 2005. Буквально за день в шведских ма газинах было продано более 30 000 копий альбома. В ноябре того же года вышла специальная часовая программа, состоявшая из новых и старых песен и интервью с певицей. В январе 2006 Филипссон объявила, что она станет ведущей конкурса 'Melodifestivalen' в 2006 году. Поскольку 'Melodifestivalen' - это программа, предназначенная дл я всей семьи, ее появление в качестве ведущей было встречено с сомнением из-за многочисленных шуток, явно рассчитанных на другую аудиторию.
В начале 2007 она выпустила новый сборник своих самых больших хитов, 'Lena 20 år'. Альбом включал песни из всех ее альбомов, за исключением 'Fantasy', который провалился в 1993, и новую песню, 'Jag måste skynda mig på'. Лена и Томас Эрикссон запустили ее новое шоу 'Lena+Orup' в Китайском театре в Стокгольме одновременно с выходом альбома, и шоу получило успех у публики и критиков. В 2007 году его посмотрели более 113 000 человек, а в начале 2008 года состоялась премьера шоу в Гётеборге (Goth enburg), после чего шоу отправилось на гастроли по городам Швеции. К концу 2008 Филипссон и Эрикссон выпустили свой дуэтный альбом под названием 'Dubbel'.
В начале 90-х Лена Филипссон стала одной из трех поп-звезд, чьи портреты появились на шведских почтовых марках, вместе с 'Roxette' и Джерри Уильямсом (Jerry Williams).