Мария Чеботарь владела обширным репертуаром, достигнув особенного успеха в операх Вольфганга Амадея Моцарта (Сюзанна и Графиня в «Свадьбе Фигаро», Церлина и Донна Анна в «Дон Жуане», Констанца в «Похищении из сераля») и Рихарда Штрауса (Дафна в одноименной опере, Софи в «Кавалере розы»), а также Джузеппе Верди (Виолетта в «Травиате») и Джакомо Пуччини (Чио-Чио-Сан в «Мадам Баттерфляй»). Незадолго до смерти начала обращаться к более драматическим партиям («Турандот», «Саломея»). Много гастролировала. Участвовала в премьерах современных опер (в том числе была первой исполнительницей роли Аминты в «Молчаливой женщине» Р. Штрауса). Сотрудничала с такими выдающимися дирижёрами, как Бруно Вальтер, Карл Бём, Клеменс Краус и т. д. Снялась также в нескольких фильмах.
Похоронена в Вене. Имя певицы носят улицы в Вене и Дрездене — городах, с которыми были связаны наиболее значимые моменты её творческой биографии. Именем Марии Чеботарь также названа улица в Кишинёве.