Степень бакалавра Джон Ши получил в 1970 году в колледже Bates, где, помимо учебы, активно участвовал в проводимых дебатах, играл в футбол и был в редколлегии вузовского журнала. Затем он отправился изучать драматическое искусство в Йельскую школу драмы, и в 1973 году получил степень магистра в режиссуре. За годы, проведенные в Йеле, Ши также много выступал в театре 'Yale Repertory Theatre'.
После режиссерской практики в театре Челси у Р.Калфина и в 'Public Theatre' у Дж.Паппа, Джон дебютировал на сцене Бродвея в постановке Калфина 'Yentl' и получил награду 'Theatre World'.
После нескольких небольших ролей в сериалах ('Eight Is Enough', 'Man from Atlantis' и др.), Ши получил более серьезную роль в 'The Nativity' (1978), а в 1980 г. дебютировал и в кино – в английской картине 'Hussy'. В американском фильме актер впервые снялся в 1982 году – в 'оскароносном' фильме 'Пропавший без вести'.
После этого он снимался в таких картинах, как 'Windy City' (после которого был признан 'лучшим актером' на кинофестивале в Монреале в 1984 г.), 'Украсть дом' (1988), 'Lune de miel/Honeymoon' (французская и английская версии соответственно), 'Незаселенная земля' (израильский фильм 1987 г.), 'Новая жизнь' (1988), сериале 'The Impossible Spy' (за который Ши получил китайскую 'Золотую панду' как 'лучший актер'), 'Корпорация 'Бессмертие' (1992) и мн. др. У Ши также были роли в отдельных сериях 'Секс в большом городе' и 'Закон и порядок'.
В 2009 году Джон Ши дебютировал в индийском кино, в ленте 'Achchamundu! Achchamundu!', где сыграл роль второго плана.
В 1998 году он снял фильм 'Софи', где сыграли Донни Уолберг, Аманда Пит, Энн Меара и др. Эта лента была признана 'лучшим фильмом' Международного кинофестиваля в Сиэтле.
Актер не прекращал играть в театре, в том числе на сценах Бродвея, в Карнеги-Холле, а также в театрах Лондона.
Джон Ши был женат дважды; от первой жены, Лоры Петтибоун, у него есть сын Джейк. В 2001 году он женился на Мелиссе МакЛеод, и у них растут уже двое детей.