В конце 1980-х Пилсон ушел из 'Dokken' и собрал собственную команду, 'Flesh & Blood', в которой он отвечал за партии ведущего вокала и ритм-гитару. После переименования группы в 'War & Peace' Пилсон и его музыканты су мели выпустить четыре официальных альбома – 'Time Capsule' (1993); 'The Flesh and Blood Sessions' (1999); 'Light At The End Of The Tunnel' (2001) и 'The Walls Have Eyes' (2004). Впрочем, группа эта не была слишком известной, и пользовалась успехом у весьма неширокого круга любителей метала.
Одновременно Пилсон работал и в нескольких прочих проектах – так, в 2001-м он стал одним из создателей одноименного альбома группы под названием 'Underground Moon', совместной работы с Томми Хенриксеном (Tommy Henriksen).
В середине 1990-х Джефф вернулся в 'Dokken', однако долго там все же снова не задержался.
Наиболее удачной его работой стало участие в группе 'Dio', вместе с которой он выпустил альбомы 'Strange Highways' (1994), 'Angry Machines' (1996) и 'Master of the Moon' (2004).
В качестве сессионного басиста Джефф работал и с группой 'Wild Horses', записав вместе с командой альбомы 'Bareback' в 1991-м и ' ead Ahead' в 2003 году.
В 2010 году Пилсон оказался участником трибьют-альбома под названием 'Mister Bolin's Late Night Revival', сборника из 17 ранее не издававшихся треков гитариста Томми Болина (Tommy Bolin), умершего в 1976 году. Доля доходов от этого проекта пошла в пользу 'Jackson Recovery Centers'.
Хотя Джефф Пилсон известен прежде всего как бас-гитарист, он также играет на гитаре, виолончели и клавишных.
Известно, что Пилсон также входит в состав группы 'T & N' - коллектива, состоящего из музыкантов группы 'Dokken' различных эпох.
Помимо музыкальной деятельности, Пилсона знают и как актера – в 2001-м он появился в фильме 'Рок-звезда' ('Rock Star'), музыкальной драме, где он играл бас-гитариста из вымышленной группы 'Steel Dragon'. Кроме того, он иногда работает на озвучивании, один из его проектов – знаменитая видео-игра 'Mortal Kombat', где голосом Джеффа говорит Джонни Кейдж (Johnny Cage)