Екатерина училась в школе с углублённым изучением гуманитарных предметов и английского языка.
В детстве Екатерина мечтала стать журналистом. В 16 лет после ссоры с отчимом она ушла из дома и начала самостоятельную жизнь. Работала моделью, в данном направлении Екатерина достигла значительных успехов. В 2000 году вышла в финал престижного международного конкурса моделей “New Model Today”, работала в Милане, Париже и Токио, в России работала с агентствами Red stars и Fashion.
Карьера
В 2003 году Екатерина была приглашена на небольшую роль в телесериал "Бедная Настя", для исполнения которой продюсеры сериала отправили модель на трехмесячные актерские курсы при киностудии Амедия. В сериале Маликова не снялась, зато в том же году поступила в школу студию МХАТ на актерский факультет к мастерам Роману Козаку и Дмитрию Брусникину. По окончании института была приглашена в труппу театра «Сатирикон» имени Аркадия Райкина.
Кино
На большом экране дебютировала будучи студенткой 1-го курса в роли стюардессы в блокбастере "Ночной дозор" (2004) режиссера Тимура Бекмамбетова.
Первой главной ролью Маликовой стала роль модели Оли в комедии режиссера Александра Стриженова “От 180 и выше” (2005).
Вышедший в 2007 году на российские экраны и сразу ставший кассовым боевик «Бой с тенью 2: Реванш» (2007) режиссера Антона Мегердичева, где Катерина сыграла роль второго плана сделал ее узнаваемой актрисой. Вместе с ней в фильме снялись такие звезды как Андрей Панин, Денис Никифоров, Михаил Горевой, Елена Панова и др. Эта роль принесла Маликовой приглашения на телевидение и в репертуарный театр. Роль спортивного адвоката Джулии, решившейся пожертвовать своей карьерой и своей свободой ради того, чтобы спасти от гибели любимого мужчину была хорошо принята критиками и зрителями.
В 2009 году Екатерина дебютирует в итальянском кино. Комедия под названием Itallians (2009) режиссера Джованни Веронези, где Катерина играла в паре со знаменитым итальянским комиком Карло Вердоне.
В этом же году Екатерина играет главную роль в артхаусном триллере режиссера Антона Азарова «Тот, кто рядом» (2009), представая перед зрителем в образе хрупкой уязвимой девушки Елены, которая, запутавшись в своих чувствах, влюбляется в преследующего ее маньяка.
В 2010 году на экраны выходит артхаусная драма-фэнтези «Ушел и не вернулся» режиссера Валерия Пендраковского, где Катерина играет роль Ангелины – идеального женского образа, возникающего в сознании главного героя, находящегося в состоянии комы.
В 2011 году на экраны вышел русско-американский фильм фильм "Ты и я/ You & I" (Россия/США) , знаменитого британского режиссера Роланда Джоффе, в котором партнерами Маликовой стали молодые американские звезды Миша Бартон и Антон Ельчин.
В 2012 году Екатерина снялась в турецкой артхаусной драме «Прощай, Катя/ Elveda Katya» режиссера Ахмета Сенмеза, где сыграла роль Светланы – женщины, которая не решается признаться своей дочери в том, что бросила ее еще в младенчестве.
В 2012 Екатерина приняла участие в съемках самого ожидаемого блокбастера 2014 года «22 минуты» режиссера Василия Серикова об освобождении захваченного пиратами газового танкера, в роли представительницы газовой компании Ольги Гуровой. Фильм основан на реальных событиях. Вместе с Катериной в картине снялись такие звезды как Виктор Сухоруков, Денис Никифоров и Александр Галибин.
В 2013 году Екатерина снялась в интеллектуальной комедии режиссера Сергея Ольденбург-Свинцова под названием «Секс, кофе и сигареты». В картине также приняли участие Жерар Депардье, Антон Шагин, Константин Крюков, Полина Огуреева, Анна Старшенбаум, Роман Виктюк, Михаил Евланов, Алиса Гребенщикова, Екатерина Волкова, Анна Чиповская и др.
Телевидение
Наряду с фильмами для проката Екатерина много снимается для телевидения. Яркими и запоминающимися ролями Маликовой были роль жестокой убийцы Эллы в телефильме "Ледяная страсть" (2009) и роль польки Эльжбеты в военном телефильме "Застава Жилина" (2008) режиссера Василия Пичула. Настоящий польский акцент Екатерина ставила слушая по несколько часов в день диктофон с записанными на чистом польском языке репликами своей героини.
Яркой комедийной ролью стала для Маликовой роль Натали Демидовой в семейном скетчкоме под названием «Семья 3Д» режиссера Ильи Аксенова. Также в картине снялись Игорь Верник, Анастасия Заворотнюк и Алексей Маклаков.
Были и неудачные проекты. Телепародия на отечественные сериалы под названием "Аманда О" (2010) о внезапно потерявшей свой звездный статус теледиве Аманде, где Маликова в паре с Анастасией Заворотнюк исполнили главные роли, была снята с эфира после показа нескольких серий.
В 2013 Маликова снялась во втором сезоне рейтингового сериала «Карпов» под названием «Карпов 2:0» где сыграла роль Елены.