В Великобритании Томпсон заработал репутацию, как отличный постановщик социальных драм, а также получил известность за сотрудничество с популярными британскими актерами. После ряда комедий, он вернулся к теме женских колоний в фильме "Белокурая грешница" с Дианой Дорс в главных ролях. Картина номинировалось на Золотую пальмовую ветвь в Каннах, но проиграла документалки Жака Ив Кусто "Мир тишины". В 1958 году на британские экраны выходит "Трудный путь в Александрию", фильм, повествующий о событиях Второй Мировой Войны, в котором показывает героизм четырех людей, совершивших ошибки, благодаря взаимопониманию и взаимного уважения друг к другу - несмотря на то, что один из них является солдатом противника, - позволяет им выжить при прохождении через Ливийскую пустыню. Следующей картиной продуктивного режиссёра стала "Тигровая бухта" в 1959, помимо явного социального подтекста, фильм еще и превосходный образец нуара по-британски. В 1961 году перед самым началом съемок "Пушки острова Наварон", несговорчивый режиссёр Александр Маккендрик покидает съемочную площадку, тогда на замену приходит Джон Томпсон. Картина "выбила" режиссёра в высшую лигу, помимо кассовых сборов и наград на различных кинофестивалях, Томпсон вытащил счастливый билет в Голливуд.
Переехав в Штаты, Джон Ли Томпсон выпустил ряд успешных фильмов, начиная с триллера "Мыс страха" в 1962. Вместе с тем не забыл режиссёр и про родную Великобританию, охотно соглашаясь на предложения английских продюсеров. Одним из таких предложений, стала лента "Возвращение из пепла" в 1965 - мрачная ироническая история женщины, пережившая всё зло творившегося в концентрационном лагере. Взяв довольно банальный и исхоженный сюжет, Томпсон мастерски избежал ошибок своих предшественников. Несколько раз, когда кажется, что фильм вот-вот соскользнёт в скучную мелодраму, Томпсон аккуратно сходит с протоптанной дороги на новую территорию. Следующим фильмом режиссёра стал оккультный хоррор "Глаз Дьявола" в 1966 собравший целую плеяду известных актеров. В США для киностудии Columbia Pictures, Томпсон снял один из самых своих известных картин - вестерн "Золото Маккенны" в 1969. В 1973 году картина демонстрировалась на внеконкурсном показе VIII Московского международного кинофестиваля. А в июне-августе 1974 года вышла на экраны СССР, заняв четвертое место по посещаемости среди зарубежных лент в советском кинопрокате.
В 1976 году на съемках "Сент Айвз", Томпсон познакомился с известным актером Чарльзом Бронсоном, с которым поработает вместе над девятью картинами, включая "Жажду смерти 4" - четвертую часть киносаги о подвигах уличного мстителя Пола Керси. В 1988 году на экраны вышел "Кинджайт: Запретные темы" последний фильм Томпсона, через 14 лет - 30 августа 2002 года, Томпсон умер от сердечного приступа в своем канадском загородном доме в Британской Колумбии. Джон Ли Томпсон на протяжении всей своей карьеры чередовал серьезные фильмы с развлекательными работами. Но даже на первый взгляд в несерьезных лентах, он поднимал острые вопросы, которые, по его мнению, требовали тщательного анализа. Его универсальность и не похожесть породила яростную критику в его сторону, но его это мало волновало, он продолжал снимать то, что сам хотел.
Критика отчасти была обусловлена неправильным пониманием Томпсона, как сторонника реализма. В своих ранних работах он поднимал социальные вопросы, его фильмы никогда не были политическими. Вторая мировая война научила его важности взаимной ответственности в обществе и показала наглядный пример последствий предрассудков и нетерпимости. Главными персонажами его работ, часто были те люди, кого зрители считали далеко не положительным героем, как в случае с нацистским ученым в картине "Вернер фон Браун" в 1960, ведущего разработку бомбы V-2, которые должна была уничтожить Лондон. Его фильмы исследуют реакцию людей, сформированную средой. Ли Томпсон показывает миру ситуации, в которых люди сталкиваются с трудным выбором. Признавая существование зла, он показывает людям неправильные действия совершенные по искушению, а не по внутреннему злу. Он наделяет своих героев, возможностью принимать собственные решения в соответствии с их совестью, а не в соответствии с ценностями общества.