Ботет родился в испанском городе Сьюдад-Реаль. Хавьер Ботет страдает генетическим заболеванием - синдромом Марфана, из-за которого человек становится очень худым и с длинными конечностями. Еще у актера проблемы с сердцем и со зрением. Болезнь придает особую специфику его внешности, которую он использует в кино.
В 2001 году Хавьер дебютировал на телевидении, в сериале "Расскажи мне".
В 2005 году Хавьер Боте сыграл свою первую роль в кино, в ленте "В тихом омуте".
В 2013 году выходит лента «В конце концов мы все умрем», где Хавьер выступил режиссером и продюсером.
Ботет часто снимается в фильмах жанра хоррор. Таких как «Мама», «Репортаж», «Багровый пик» и других.