Юдзи Кадзами в 10 лет потерял родителей и был воспитан людьми, для которых писаные законы — пустой звук, а чужие жизни — что трава на ветру. Творя разное, парень быстро познал законы темного мира, и ныне его разум отточен, рефлексы — совершенны, а принципы гибки, как стальной клинок. Но даже сталь имеет предел усталости, и «рыцарь ночи» обратился к знакомой хозяйке частной школы с просьбой дать ему возможность пожить жизнью обычного старшеклассника со всеми прилагающимися маленькими радостями. Та ответила, что Юдзи пришел по адресу, ведь академия Михама закрыта для публики, а учатся в ней всего пять девушек!
Название сериала волею авторов имеет французский подзаголовок, что дает подсказку к его расшифровке. Со слов разработчиков фирмы Front Wing, Гризайя — это искаженное grisaille (читается «гризай»), вид монохромной живописи. Термин происходит от gris — «серый, скучный, тусклый». Таким образом, передать смысл названия можно как «Тусклый плод» или «Плод тоски». Во вступлении прямо говорится: «На древе печали растут плоды искупления». Полная разгадка этого ребуса дается лишь в третьей игре цикла. Также в сюжете «Гризайи» обыгрываются ситуации, где каждой героине сопоставлен свой плод: Юмико — виноград, Аманэ — вишня, Митиру — лимон, Макина — земляника, Сати — яблоко.