Прошло 15 лет после загадочной глобальной катастрофы, поставившей человечество на грань выживания. Но оставшихся в живых впереди ждут еще более страшные испытания... Землю атакуют «Ангелы», загадочные гигантские существа, появившиеся неизвестно откуда.
Единственное оружие на планете, способное им противостоять — роботы серии «Евангелион», созданные при помощи передовых биотехнологий. Правда, сражаться с помощью этих огромных машин способны только те пилоты, которые могут полностью «синхронизировать» себя с роботом и управлять «Евангелионом» как собственным телом. Эти уникальные бойцы обучаются и живут в секретном подземном городе Токио-3, штаб-квартире организации «NERV», возглавляющей защиту Земли от вторжения.
Синдзи, Аска и Рей — пилоты, между которыми складываются крайне непростые отношения. Но именно от них зависит судьба планеты и разгадка тайны зловещих «Ангелов».
Несогласный с концовкой сериала Ёсиюки Садамото опубликовал мангу, в которой предложил еще одну интерпретацию событий.
Хидеаки Анно неоднократно давал понять, что сериал — выражение его личных проблем как в творчестве, так и в семейных отношениях.
В сериале множество значащих имен и названий. Многие из них имеют отношение к военной тематике, в первую очередь — к истории Второй мировой войны.
Японское название сериала, «син сэйки эвангэрион», составлено из двух частей: японского «син сэйки» (новая эра/век) и древнегреческого «Evangelion» (евангелие, добрый вестник, добрая весть — этимологически никак не связанного с именем Ева, происходящим из иврита).