В течение 1899 он вел переговоры с Великобританией относите льно политических прав уитлендеров, и когда год спустя разразилась война, целиком посвятил себя борьбе за независимость. После того как британские войска захватили Преторию, Смэтс отвел отряды буров в Капскую колонию, но в мае 1902 понял, что дальнейшее сопротивление превосходящим британским силам б ессмысленно. На переговорах в Феринихинге он рекомендовал бурским руководителям принять предложенные Великобританией условия мира.
Когда в 1905 к власти в Великобритании пришла Либеральная партия, Смэтс отправился в Лондон и убедил правительство ввести в Трансваале режим самоуправления и установит ь избирательную систему, которая бы давала преимущество африканерам. Британская уступчивость произвела на Смэтса глубокое впечатление, и впоследствии он проводил политику сотрудничества с Великобританией и Британской Южной Африкой. Такую же линию проводил и Луис Бота, главнокомандующий войсками буро в во время войны, которому подчинялся Смэтс. В 1907 Бота стал премьер-министром Трансвааля, а в 1910 —Южно-Африканского Союза. В первую очередь благодаря усилиям Бота и Смэтса и был создан союз четырех британских южноафриканских колоний.
Во время Первой мировой войны Смэтс помог Боте подавить мяте ж африканеров и завоевать Германскую Юго-Западную Африку; он командовал британскими силами в Восточной Африке и стал видным членом военного правительства, которым руководил Д.Ллойд Джордж. Смэтс точно предсказал, по какому пути пойдет эволюция Британского содружества и Лиги наций.
Когда в 1919 Бот а умер, Смэтс сменил его на посту премьер-министра. Потерпев поражение от лидера Националистической партии Дж.Герцога в 1924, Смэтс посвятил себя занятиям философией. Он вернулся к государственной деятельности во время экономической депрессии 1930-х годов. Две основные партии объединились под руково дством премьер-министра Герцога и его заместителя Смэтса. Они успешно сотрудничали, но разошлись накануне Второй мировой войны в вопросе об участии в ней Южной Африки. Смэтс одержал победу в парламенте и сформировал правительство, которое объявило войну Германии в сентябре 1939.
В 1948 партия Смэт