Нашел свою манеру, обратившись к керамике и камню. От подражательно-авангардных, близких сюрреализму ранних вещей перешел к композициям, которые следуют традициям японского «сада камней». При этом превращал древние природно-религиозные символы в самоценные выставочные либо монументально-декоративные объекты. Наиболее естественным выходом для творческих устремлений Ногучи стала именно декоративная пластика, органично связанная с архитектурой (первая его крупная работа такого рода – рельеф для здания агентства «Ассошиэйтед пресс» в Нью-Йорке, 1938). Со временем его «сады», исконно восточные, но органично вписа вшиеся в современную урбанистическую среду Запада, украсили целый ряд архитектурных ансамблей, преимущественно в США, но также и по другую сторону Атлантики (здание ЮНЕСКО в Париже, 1958; банк «Чейз Манхаттен» в Нью-Йорке и офисный комплекс «Джон-Хэнкок-билдинг» в Бостоне, 1970–1974). Не раз оформлял фонтаны, лаконически-контрастно сопоставляя стихии камня и воды (фонтан перед детройтским Муниципальным центром, 1975; и др.). Станковые же его объекты (Этюд мельничного камня, Черное солнце; обе работы – гранит, 1961–1962, музей Ногучи; и др.) представали в виде моделей для подобных городских или пейзажных композиций.
Выступал также как мебельный дизайнер (для фирмы «Г.Миллер», 1950–1951) и оформитель авангардных балетных постановок М.Грэхем, Дж.Баланчина и М.Каннингхэма (1950–1970-е годы). В 1985 открыл «Садовый музей И.Ногучи» на Лонг-Айленде.