Родился Эйснер в Калифорнии. После окончания школы и ряда высших учебных заведений, он подался в индустрию развлечений. Дебютным его фильмом можно назвать его дипломный проект в школе кинематографа, фильм «Разведка» с Питером Габриелем.
В качестве выпускной работы в Джорджтаунском Университете Брек снял современную версию «Алисы в Стране Чудес»; съемки проходили на огромном чердаке Хили-Холла в кампусе и на заброшенной трамвайной ветке в туннеле под Дюпон-сёркл в округе Колумбия. Кроме этого, за время обучения Эйснер успел поставить несколько шекспировских пьес.
В процессе монтажа Брек воспользовался несколькими компьютерами «Digital Domain», дабы рассчитать для фильма немного компьютерной графики. Работой заинтересовались рекламные агентства; очень скоро Эйснеру предложили снять несколько роликов. Карьера продюсера-рекламщика началась неожиданно бурно – уже через каких-то полтора года в активе Брека было четырнадцать работ. Первый ролик он снял для напитка «Powersurge»фирмы «Budweiser»; этот ролик демонстрировался на Суперкубке 1997-го. Следом была реклама крендельков «Rold Gold Pretzels’ Comrades» – в нем актер Джейсон Александр играл супергероя «Кренделя», совершавшего очередной подвиг на космической станции «Мир».
Два ролика Брека о борьбе с курением, сделанные по заказу министерства здравоохранения Калифорнии были названы «лучшими роликами» по версии проекта «Adweek». Еще одно творение Эйснера – «Безумный пес в погоне за пивом «Курс Зима»«был показан в одном из перерывов в финальной серии культового комедийного сериала «Seinfeld»и получил первое место в хит-параде реклам журнала «USA Today». В дальнейшем Брек создавал рекламы для «Sony», «Sega»и «Coca-Cola».
Успех в мире рекламы открыл Эйснеру дорогу в кинематограф – в 2000-ом он отснял телефильм «Человек-невидимка» для канала «Sci Fi Channel». За этим последовала работа с самим Стивеном Спилбергом над одним из эпизодов мини-сериала «Taken»с Дакотой Фаннинг в главной роли.
В 2005 году Брек Эйснер снял фильм «Сахара» с Мэттью Макконехи, Пенелопой Крус и Уильямом Мэйси в главных ролях. Этот фильм считается одним из самых крупных финансовых провалов в истории Голливуда.