Когда нацизм и, – соответственно – антисемитизм, в Германии достиг расцвета, Отто решил перевезти собственную семью в Амстердам. После – в 1938-ом году (и позже – в 1941-ом) Франк попытался эмигрировать в Соединенные Штаты Америки или на Кубу. Сделать ему это не удалось, как, впрочем, и большинству еврейских семей.
В 1940-ом году нацизм оккупировал Нидерланды и семейству Отто Франка (Otto Frank) пришлось скрываться, уйти в подполье. В течение нескольких лет Отто Франк и его семья прятались от нацистских преследователей, однако в августе 1944-го года место их укрытия стало известно фашистом. Семью Франк предали, и тогда же Отто Франк, его жена и дочери были арестованы.
Вскоре они оказались в Аушвице и через некоторое время – разделены. Дочери Отто были отправлены в Берген-Бельзен, где в марте 1945-го года – за несколько дней до освобождения - умерли от тифа.
Отто Франк (Otto Frank) оказался на свободе 27-го января 1945-го года. Он был на грани жизни и смерти.
После того, как Отто был освобожден и узнал о гибели своей семьи, он задался целью обнародовать записи дочери, подтверждающие истинность происходящего в период нацистской оккупации. Франк тщательно подготовил рукопись дочери к публикации, и летом 1946-го года дневник был готов к публикации. В июне 1947-го года письма Анны Франк были изданы – под названием Het Achterhuis. В 1960-ом году в доме, где скрывалась семья Франк, был открыт музей, посвященный памяти семьи Франк и огромному числу жертв Холокоста.
В 1953-ем году Отто Франк (Otto Frank) вновь женился и переехал в Швейцарию. Он умер 19-го августа 1980-го года – от рака легких.