В 2000 году Хоппус женился. Его избранницу зовут Skye Everly. Свою будущую жену Марк заметил на кастинге, который проводился перед съемками клипа на одну из песен группы. 5 сентября 2002 года у них родился сын Джек. В настоящее время семья проживает в Лос-Анджелесе