После парламентских выборов Коуэн был назначен на должность министра здравоохранения (затем и детского развития) в правительстве Берти Ахерна 26 июня 1997. 27 января 2000 стал министром иностранных дел страны. На этом посту способствовал продолжению мирного урегулирования в Северной Ирландии и координировал членство Ирландии в Совете Безопасности ООН и её председательство с 1 января до 1 июля 2004 в Европейском союзе, в период которого были приняты 10 новых членов.
В 2002 Коуэн был избран заместителем лидера партии Фианна Файл.
29 сентября 2004 Коуэн был назначен на самый весомый из министерских постов в Ирландии — пост министра финансов вместо перешедшего на работу в Еврокомиссию Чарли МакКриви, где он способствовал стабилизации бюджета и продолжению экономического развития страны.
14 июня 2007 Коуэн стал также заместителем премьер-министра (ирл. Tánaiste) вместо лидера прогрессивных демократов Майкла МакДоуэлла после формирования нового трёхпартийного правительства с участием Фианна Файл, прогрессивных демократов и зелёных.
9 апреля 2008 был избран новым лидером возглавляющей правительственную коалицию партии Фианна Файл вместо ушедшего в отставку Берти Ахерна.