Фуми Накайдо дебютировала в модельном бизнесе в возрасте 12 лет. Её актерский дебют состоялся в 2007 году в сериале «Juken no Kamisama». И уже в 2009 году она получила свою первую главную роль в фильме режиссера Кодзи Якусё «Масло жабы».
В 2011 году на 68-м Венецианском международном кинофестивале Фуми Накайдо и её коллега по фильму «Химидзу» Шота Сометани получили Премию Марчелло Мастрояни в номинации «Лучший новый молодой актер и актриса».
В 2013 году актриса сыграла безбашенную террористку в фильме «Человек-мозг», в котором также приняли участие Икута Тома и Ясуко Мацуюки. Также в 2013 году она снялась в дораме «Женщина», исполнив роль сестры главной героини.
В том же 2013 году актриса получила премию японской киноакадемии «Новичок года» за роли в фильмах «Химидзу» и «Уроки зла».
Из-за своей постоянной занятости на работе Фуми бросила школу и не сдавала выпускные экзамены. Однако, до начала своей актёрской карьеры она была довольно-таки успешна в учёбе и учителя написали ей рекомендацию в университет Кейо. Никайдо хотела поступить на курс политики и менеджмента, но из-за съёмок она не смогла прийти на вступительный экзамен, и, соответственно, её не приняли.