Мария Пирогова окончила Высшее театральное училище им. Щукина, курс Ю. Нифонтова (целевой набор в Центральный театр кукол имени С.В.Образцова).
Работает в кукольном театре имени Образцова. Принимала участие в спектаклях «Божественная комедия» и «Золушка».
Первой заметной ролью для Марии стала роль дочери доктора Быкова Алисы в сериале «Интерны» на канале ТНТ. За год до этого актрису приглашали на пробы в этот же сериал на роль Вари Черноус (одна из главных героинь сериала), но она отказалась в связи с большой загруженностью по учёбе. Мария Пирогова впервые появилась в «Интернах» в 2011 году, начиная с 56-й серии.
В 2009 году Мария сыграла эпизодическую роль в другом популярном ситкоме ТНТ — «Универ».